结论：在劳动合同中约定最低工资但实际发放高于该标准的情况下，劳动者有权按照实际工资标准主张相关权益，包括但不限于补发工资差额、计算经济补偿金、未休年假工资及加班工资等。同时，劳动者应依法依规进行劳动仲裁或诉讼，以维护自身合法权益。
一、法律背景与依据
劳动合同法的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，劳动报酬是劳动合同的必备条款。虽然法律未明确要求必须约定具体工资数额，但约定的工资标准不得低于当地最低工资标准，且实际支付工资不得低于约定标准。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位拖欠或未足额支付，劳动者有权依法申请支付令或提起诉讼。
劳动法的相关规定：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这进一步强调了用人单位按时足额支付工资的法律义务。
二、劳动者权益与主张
工资差额补发：
- 若用人单位实际发放的工资低于约定标准（尽管约定为最低工资，但实际发放更高时，此情况不适用），劳动者有权要求补发差额。但在您描述的情况下，实际发放高于约定，因此主要关注的是用人单位是否按实际工资标准支付了所有应付款项，如加班费、奖金等。
经济补偿金计算：
- 在解除劳动合同需支付经济补偿的情形下，经济补偿的计算标准是基于劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若合同仅约定最低工资，但实际发放更高，则应以实际平均工资为计算基数。
未休年假工资与加班工资：
- 未休年假工资和加班工资的计算同样应以实际工资为基数。若用人单位仅按最低工资标准计算，劳动者有权要求按实际工资标准重新计算并补发差额。
三、劳动仲裁与诉讼流程
准备证据：
- 劳动者应收集并保存所有能证明实际工资收入的证据，如银行工资流水、工资条、劳动合同、工作证、考勤记录等。这些证据将对于主张权益至关重要。
提交仲裁申请：
- 向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据材料。申请书应详细写明仲裁请求、事实与理由，并附上相关证据清单。
参与仲裁程序：
- 仲裁委员会受理申请后，将组成仲裁庭进行审理。劳动者需按时到庭参加庭审，进行陈述、举证、质证及辩论。仲裁庭将尝试组织双方调解，若调解不成则继续审理并作出仲裁裁决。
提起诉讼（如需要）：
- 若对仲裁裁决不满或仲裁未能解决问题，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向人民法院提起诉讼。法院将审理案件并根据证据和法律规定作出判决。
四、建议与措施
明确约定工资条款：
- 为避免未来可能出现的劳动纠纷，建议劳动者在签订劳动合同时与用人单位明确约定详细的工资条款，包括工资数额、工资构成、发放时间等。
保留证据：
- 劳动者应妥善保管所有能证明实际工资收入的证据，以备不时之需。这些证据将在劳动仲裁或诉讼中发挥关键作用。
及时咨询与维权：
- 若遇到用人单位克扣或拖欠工资等违法行为，劳动者应及时咨询专业律师（即向我咨询）并依法维权。通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自身合法权益是劳动者的合法权利。
五、可能法律后果
- 若用人单位未按实际工资标准支付劳动报酬或违反相关法律法规规定，将可能面临劳动仲裁裁决或法院判决要求支付拖欠的工资、经济补偿金及赔偿金等法律后果。同时，用人单位还可能受到劳动保障行政部门的行政处罚。
综上所述，在劳动合同中约定最低工资但实际发放高于该标准的情况下，劳动者应充分了解自身权益并依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。