行政协议在一定条件下是可以申请复议的。这一结论基于以下多方面的分析：
一、行政协议申请复议的法律依据
根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益时，有权向行政机关提出行政复议申请。这里的“行政行为”是一个宽泛的概念，包括法律、法规、规章授权的组织的行政行为，且并未明确排除行政协议作为复议对象的可能性。特别是，《行政复议法》第十一条第（十三）项中提到的“行政机关的其他具体行政行为侵犯其合法权益”的表述，为行政协议纳入行政复议范围提供了法律基础。
二、可以申请复议的行政协议情形
主体要素：
- 行政协议必须是行政机关为了实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织协商订立的。当行政机关作为协议的一方主体，并行使行政权力时，该协议即符合行政复议受案范围的主体要求。例如，政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等，这些协议中行政机关作为一方主体，其行为对相对人的权益产生直接影响。
行为要素：
- 行政机关在履行行政协议过程中的具体行政行为，如单方面变更、解除协议，或者不依法履行、未按照约定履行协议等，这些行为对协议相对人的合法权益产生了实际影响。相对人对此不服的，有权依法申请行政复议。
三、不可以申请复议的行政协议情形
纯民事性质的协议：
- 如果行政机关签订的协议不涉及行政权力的行使，而是基于平等民事主体之间的意思自治而订立的民事合同（如行政机关作为普通民事主体购买办公用品等签订的合同），这类协议引发的纠纷应通过民事诉讼等民事纠纷解决途径解决，不能提起行政复议。
超出复议范围的其他情况：
- 若行政协议相关争议已经通过其他法定途径得到了最终解决，或者不属于行政复议法规定的可以申请复议的具体行政行为范畴，也不能再提起行政复议。例如，某些行政协议争议已经由双方当事人自行协商解决并达成了具有终局性的和解协议，此时就不能再就同一事项申请行政复议。
四、申请复议的具体步骤
确定申请资格：
- 申请人必须是认为行政协议的订立、履行、变更、解除等行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织。
查找复议机关：
- 对地方工作部门行政行为不服，可向本级人民政府或上一级主管部门申请复议；对垂直领导部门（如海关、金融等）行为不服，向上一级主管部门申请复议；对地方各级政府行为不服，向上一级政府申请复议。
准备申请材料：
- 包括行政复议申请书（载明申请人、被申请人信息，复议请求，事实和理由，申请人签名及日期）、身份证明材料（公民提供身份证复印件，法人或其他组织提供营业执照副本复印件及法定代表人身份证明）、行政协议及相关证据（提供协议原件或复印件，以及证明行政机关违法或不当行为的证据，如履行凭证、沟通记录等）。
提交申请：
- 申请期限自知道具体行政行为之日起六十日内提出，除非法律另有规定。因不可抗力等正当理由耽误的，期限可顺延。申请方式可书面或口头，书面申请可通过当面递交、邮寄、传真等方式；口头申请则由复议机关当场记录。
跟进后续流程：
- 包括受理（复议机关应在五日内审查申请）、审理（复议原则上采取书面审查，但必要时可调查情况，听取各方意见）、决定（复议机关应在受理之日起六十日内作出决定，特殊情况可适当延长，但不超过三十日）等步骤。
五、实际操作建议
在实际操作中，当面临行政协议是否可以申请复议的问题时，建议首先审查协议的主体资格、行政职权的行使情况以及协议内容的性质。若符合上述可以申请复议的情形中的任意一项或多项，则很有可能该行政协议属于行政复议的范围。此时，当事人可以依法向行政机关提出行政复议申请，以维护自身的合法权益。
综上所述，行政协议在一定条件下确实可以申请复议，但需注意区分行政协议与纯民事合同的区别，以及行政复议的受理范围和限制条件。如果你有具体的行政协议复议问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。