行政机关未履行行政协议，企业确实可以申请行政复议。这是法律赋予行政相对人（在此为企业）的一种权利，旨在保障其合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、可以申请行政复议的情况
主体要素：
- 行政协议必须是行政机关为了实现行政管理或公共服务目标，与企业协商订立的，且该协议涉及行政管理或公共服务等行政职能的履行。当行政机关作为协议的一方主体，并行使行政权力时，该协议即符合行政复议受案范围的主体要求。
行为要素：
- 行政机关在履行行政协议过程中的具体行政行为，如单方面变更、解除协议，或者不依法履行、未按照约定履行协议等，这些行为对协议相对人（企业）的合法权益产生了实际影响。企业对此不服的，有权依法申请行政复议。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》第十一条的规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关不依法订立、不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等行政协议的，可以依照本法申请行政复议。这明确了企业在行政机关执行行政协议过程中存在违法行为时的复议权利。
二、申请行政复议的流程
提交申请：
- 企业需在知道行政机关未履行行政协议之日起一定期限内（通常为60日）向有管辖权的复议机关提交书面申请。申请中应明确复议请求、事实与理由，并附上相关证据材料。
受理审查：
- 复议机关对申请材料进行形式审查，符合立案条件的予以受理。不符合条件的，复议机关将作出不予受理的决定，并说明理由。
审理调查：
- 复议机关通过书面审查、实地调查等方式核实案件事实，必要时可组织听证。在审理过程中，复议机关将听取双方的意见和证据，确保审理的公正性和客观性。
作出决定：
- 根据审理结果，复议机关作出维持、撤销、变更原行政行为或确认违法的决定。如果复议机关认为行政机关未履行行政协议的行为违法，将作出撤销或变更原行政行为的决定，并责令行政机关重新履行协议或采取其他补救措施。
三、注意事项
时效限制：
- 企业申请行政复议的期限是有限的，超过法定申请期限可能导致复议请求不被受理。因此，企业应及时行使自己的复议权利，避免错过申请期限。
证据材料：
- 在申请行政复议时，企业需要提供充分的证据材料来支持自己的复议请求。这包括协议文本、行政机关未履行协议的证据、以及因行政机关未履行协议而造成的损失等。
救济衔接：
- 如果企业对复议结果不服，可以在法定期限内向人民法院提起行政诉讼。行政诉讼是另一种维护企业合法权益的法律途径，企业可以根据自己的情况选择适当的救济方式。
举例说明：
假设某企业与行政机关签订了一份土地房屋征收补偿协议，约定行政机关在一定期限内支付补偿款。然而，行政机关未能按照约定履行支付义务。此时，企业可以依据《中华人民共和国行政复议法》的规定，向有管辖权的复议机关提交书面申请，请求复议机关责令行政机关履行支付义务。复议机关在受理申请后，将进行审理调查，并根据审理结果作出相应的决定。
综上所述，行政机关未履行行政协议时，企业有权申请行政复议以维护自己的合法权益。在申请过程中，企业需要注意时效限制、提供充分的证据材料，并根据自己的情况选择适当的救济方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。