在行政协议中约定了仲裁的情况下，一般不能申请行政复议，但存在例外情形。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁约定与行政复议的关系
仲裁的排他性：
- 仲裁是一种替代性纠纷解决方式，其核心特点在于“一裁终局”。一旦双方在合同中约定了仲裁条款，并排除了法院管辖，那么通常就意味着双方同意将争议提交给仲裁机构进行裁决，而不再寻求其他救济途径，包括行政复议。
行政复议的适用范围：
- 行政复议是公民、法人或其他组织认为行政行为侵犯其合法权益时，向行政复议机关提出申请，由行政复议机关依法对行政行为的合法性、适当性进行审查并作出决定的一种制度。它主要适用于对行政行为的争议，而非合同争议。
二、例外情形
尽管仲裁约定通常排除了行政复议的适用，但在某些特定情况下，行政复议可能仍然是一个可行的救济途径：
仲裁协议无效或失效：
- 如果仲裁协议存在无效情形（如主体不适格、意思表示不真实、违反法律强制性规定等），或者仲裁协议因某种原因失效（如双方协商一致解除仲裁协议），那么当事人可能仍有权申请行政复议。
行政行为与合同争议交织：
- 在某些情况下，行政协议可能涉及行政行为的合法性、适当性审查。如果合同争议与行政行为的合法性、适当性紧密相关，且行政行为的合法性、适当性是合同争议的前提或基础，那么当事人可能需要在解决合同争议的同时，对行政行为提出行政复议申请。但这种情况较为复杂，需要具体分析。
法律特别规定：
- 某些特定类型的行政协议或特定情况下的争议，法律可能特别规定了行政复议作为救济途径之一。在这种情况下，即使合同中约定了仲裁条款，当事人也可能仍有权申请行政复议。
三、法律建议
仔细审查仲裁协议：
- 在签订行政协议时，应仔细审查仲裁协议的内容，确保其合法、有效，并明确约定仲裁机构、仲裁规则等关键条款。
了解行政复议的适用范围：
- 在涉及行政协议争议时，应了解行政复议的适用范围和条件，以便在必要时及时寻求救济。
寻求专业法律帮助：
- 如果对仲裁协议或行政复议的适用存在疑问或争议，建议及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，在行政协议中约定了仲裁的情况下，一般不能申请行政复议。但存在仲裁协议无效或失效、行政行为与合同争议交织以及法律特别规定等例外情形时，行政复议可能仍然是一个可行的救济途径。因此，在处理此类问题时，应仔细审查合同条款和法律规定，并在必要时寻求专业法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。