结论：迟到15分钟按三小时事假扣工资，这一做法是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下不合法，但若公司规章制度有明确规定且符合法定程序，则可能合法。以下从不同角度进行分析：

一、从法律规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位对劳动者进行罚款或扣减工资，需有明确的法律依据或规章制度支持，且该规章制度需经过民主程序制定并公示，同时不得违反法律法规的强制性规定。迟到属于违反劳动纪律的行为，但用人单位不能随意对劳动者进行罚款或扣减工资，尤其是不能超出合理范围。

具体分析：

1. 合理性原则：迟到15分钟与扣三小时事假工资之间，显然存在不合理性。迟到15分钟对工作的影响相对较小，而扣三小时事假工资则对劳动者的经济利益造成较大影响。这种扣减方式可能被视为对劳动者的不公平对待。

2. 规章制度合法性：如果公司规章制度中明确规定了迟到扣减工资的具体标准，且该标准经过民主程序制定并公示，同时不违反法律法规的强制性规定，那么该规章制度可能具有法律效力。但即便如此，扣减的幅度也需合理，不能超出劳动者迟到行为对工作造成的实际影响。

二、从实际操作角度分析

在实际操作中，用人单位对迟到行为的处理通常遵循以下原则：

1. 警告或口头批评：对于轻微的迟到行为，用人单位通常会给予警告或口头批评，以提醒劳动者注意遵守劳动纪律。

2. 扣减部分工资：如果迟到行为较为严重或频繁发生，用人单位可能会根据规章制度扣减劳动者部分工资。但扣减的幅度通常与迟到的时间长度、对工作的影响程度等因素相关，且需合理。

3. 解除劳动合同：在极端情况下，如劳动者多次严重迟到且拒不改正，用人单位可能会依据规章制度解除劳动合同。但这一措施需谨慎使用，且需符合法律法规的规定。

三、建议与风险提示

1. 对于劳动者：

   • 如果遇到用人单位不合理扣减工资的情况，可以首先与用人单位协商解决。
   • 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 对于用人单位：

   • 制定规章制度时需遵循法律法规的规定，确保规章制度的合法性和合理性。
   • 对迟到等违反劳动纪律的行为，应采取合理、适度的处理措施，避免过度处罚引发劳动争议。
   • 在处理劳动争议时，应积极与劳动者沟通协商，寻求妥善解决方案。

示例说明：假设某公司规章制度规定，迟到15分钟以内扣减当日工资的10%，迟到15分钟以上至30分钟扣减当日工资的20%，以此类推。这种规定相对合理，因为扣减的幅度与迟到的时间长度相关，且未超出合理范围。但如果规定迟到15分钟按三小时事假扣工资，则显然不合理且可能违法。

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