迟到一分钟扣半小时工资这种做法，在大多数情况下是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保障劳动者合法权益的基本法律条款，意味着用人单位不能随意扣减劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 迟到一分钟通常很难被认定为给用人单位造成了直接经济损失，且直接扣除半小时工资往往超过了法定限额，也不符合“扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准”的要求。
公司规章制度与劳动合同的合法性：
- 公司虽然有权制定规章制度，但这些制度必须合法、合理，且需经过员工同意或公示程序。
- 即使公司在劳动合同中明确规定了迟到扣款的条款，该条款也必须符合法律法规的要求。例如，不能设定过于严苛的扣款标准，如“迟到一分钟扣半小时工资”。
特殊情况说明
- 如果劳动者经常迟到，严重违反用人单位的规章制度，且该规章制度对此有明确规定并已经过合法程序制定和公示，那么用人单位在合理范围内进行相应处理（如警告、罚款等）可能会被认可。但这并不意味着可以直接采取“迟到一分钟扣半小时工资”的做法，因为这种做法仍然可能违反法律法规的公平原则和法定限额。
劳动者权益保护与建议
与用人单位沟通协商：
- 面对不合理的扣款情况，劳动者有权与用人单位沟通协商，要求其纠正错误做法。
寻求法律援助：
- 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
了解法律法规：
- 劳动者应了解自己的合法权益和公司的规章制度内容，以便在遇到问题时能够及时维护自己的权益。
用人单位的建议：
- 用人单位应制定合法、合理的规章制度，并确保其内容与法律法规相符。同时，应加强对员工的告知和公示程序，以避免因规章制度不合法而引发的纠纷。
总结来说，迟到一分钟扣半小时工资这种做法在大多数情况下是不合法的。劳动者在面对不合理的扣款情况时，应积极与用人单位沟通协商并寻求法律援助以维护自己的权益。同时，用人单位也应制定合法、合理的规章制度以避免纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。