结论：请假三天扣一千多是否合理，不能一概而论，需要结合具体情况来判断，包括公司的规章制度、请假类型以及工资构成等因素。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的规章制度中明确规定了请假扣款的规则，并且该规则已经通过民主程序制定，且不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规则对劳动者具有约束力。
扣款合理性：
- 即便规章制度合法，扣款的具体数额也需要合理。如果请假三天扣一千多，相当于扣除了劳动者相当一部分的工资，这可能超出了合理范围。合理的扣款应当与请假造成的实际损失相当，或者符合行业惯例和公平原则。
二、请假类型的角度
事假：
- 事假通常是无薪的，即劳动者在事假期间不享受工资待遇。但是，这并不意味着用人单位可以随意扣除劳动者的工资。扣除的数额应当基于劳动者实际未提供劳动的时间，并且不得违反法律法规和规章制度的规定。
病假、年假等其他假期：
- 对于病假、年假等其他假期，劳动者通常享有相应的工资待遇。如果用人单位在这些假期期间扣除劳动者的工资，特别是扣除数额较大时，可能构成违法行为。
三、工资构成的角度
基本工资与绩效工资：
- 如果劳动者的工资由基本工资和绩效工资组成，用人单位在扣除工资时应当明确区分。对于基本工资部分，除非有合法依据，否则不得随意扣除。对于绩效工资部分，可以根据劳动者的实际工作表现和规章制度进行扣除。
扣除比例与限额：
- 根据相关法律法规和政策规定，用人单位扣除劳动者工资的比例和限额可能受到限制。例如，某些地区规定用人单位每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
四、法律建议
审查规章制度：
- 劳动者应当首先审查公司的规章制度，了解请假扣款的具体规定。如果规章制度不合法或不合理，劳动者可以向用人单位提出异议，或者向劳动监察部门投诉。
协商与调解：
- 如果劳动者与用人单位在请假扣款问题上存在争议，可以尝试通过协商和调解的方式解决。双方可以坐下来沟通，寻求合理的解决方案。
法律途径：
- 如果协商和调解无果，劳动者可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
举例说明：假设劳动者的月工资为5000元，公司规章制度规定事假每天扣除日工资的200%（即每天扣除约333元）。在这种情况下，请假三天扣除一千元可能看似符合规章制度，但如果该规章制度未经过民主程序制定或者违反了法律法规的规定，那么该扣除行为仍然可能被认定为违法。另外，如果劳动者的工资构成中基本工资占比较低，而绩效工资占比较高，且用人单位在扣除工资时未明确区分，那么也可能导致扣除行为的不合理。
总结：请假三天扣一千多是否合理，需要综合考虑公司的规章制度、请假类型以及工资构成等因素。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。