在划拨土地变更用途且合作协议变更为租赁协议的情况下，若原协议无效，一般可以变更诉讼请求，但需满足一定条件并受相关限制。具体分析如下：

1. 协议无效的法律后果
   根据《民法典》第157条，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当返还；不能返还或没必要返还的，应折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失，双方均有过错的则按过错比例分担。
   若原合作协议或租赁协议被认定无效，法院会首先处理协议无效的法律后果（如返还财产、赔偿损失等），此时原告可基于无效后果变更诉讼请求，例如：

   • 将“要求履行租赁协议”变更为“要求返还土地或赔偿损失”；
     
   • 增加“确认协议无效”的诉请，并主张因无效导致的损失赔偿。

2. 变更诉讼请求的合法性
   根据《民事诉讼法》第54条，原告可在法庭辩论终结前变更诉讼请求，但需符合以下条件：

   • 与原诉请具有关联性：变更后的请求需基于同一法律事实或法律关系（如均围绕划拨土地使用权的争议）；
     
   • 不超出法院管辖范围：变更后的请求不得违反级别管辖或专属管辖规定；
     
   • 不损害对方诉讼权利：例如，不得在举证期限届满后突然增加复杂请求，导致对方无法充分准备。
     若原协议无效系因划拨土地用途变更未经审批（违反《城市房地产管理法》第56条），原告可主张因行政审批障碍导致合同目的无法实现，进而变更请求为解除合同或赔偿损失。

3. 实务中的限制与风险

   • 行政审批前置问题：划拨土地用途变更需经自然资源主管部门批准（《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第18条）。若未获批，租赁协议可能因违反效力性强制规定而无效，此时变更请求需围绕“无效后果”展开，而非继续主张合同权利。
     
   • 损失举证责任：若主张赔偿损失，原告需证明损失金额及与协议无效的因果关系（如已投入的改造费用、预期收益损失等）。
     
   • 法院释明权：若法院认为原请求与协议无效的法律后果无关，可能依职权释明原告变更请求，否则可能驳回诉请。

建议行动步骤：

1. 立即梳理协议无效的具体原因（如是否因用途变更未获批、是否违反划拨土地使用限制等）；
   
2. 评估变更请求的可行性（如是否与无效后果直接相关、能否提供充分证据）；
   
3. 在举证期限内提交书面变更申请，并补充相关证据（如审批文件、损失凭证等）；
   
4. 若对方反对变更，需在庭审中论证变更请求的合理性与必要性。
   

提示：划拨土地纠纷常涉及行政审批与民事法律行为的交叉，建议结合具体协议条款、审批进度及土地现状综合判断。如有进一步细节（如协议内容、审批情况等），可提供后为你深入分析。