结论：划拨土地方未批而变更用途并将合作合同变为租赁协议，向法院起诉维权是否合法，需分情况讨论，关键在于变更用途是否获得批准以及合同变更是否合法有效。

1. 关于划拨土地变更用途的合法性

• 合法变更：根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规，划拨土地使用权人需要改变土地用途的，应当持有关批准文件，向市、县人民政府土地管理部门提出申请，经批准后，依照国家有关规定重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让金，并办理登记。若划拨土地方在未获得批准的情况下擅自变更土地用途，则属于违法行为。

• 违法后果：若划拨土地方未批而变更用途，可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、收回土地使用权等。同时，这种违法行为也可能影响其与他人签订的合同的效力。

2. 关于合作合同变为租赁协议的合法性

• 合同变更原则：合同的变更应当遵循合法、自愿、公平、诚实信用的原则。若双方当事人协商一致，且变更内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，则合同变更有效。

• 特定情形下的无效：然而，如果划拨土地方在未获得土地用途变更批准的情况下，擅自将合作合同变为租赁协议，且该变更与土地用途的变更紧密相关（例如，原合作合同是基于特定土地用途签订的，而租赁协议则基于新的、未经批准的土地用途），则这种变更可能因违反法律法规的强制性规定而无效。

3. 向法院起诉维权的合法性

• 起诉条件：若您认为划拨土地方的行为侵犯了您的合法权益（例如，因土地用途变更导致合作合同无法履行，或租赁协议无效导致您遭受损失），您可以向法院提起诉讼。起诉时，您需要提供充分的证据证明对方的行为违法或违约，以及您因此遭受的损失。

• 诉讼风险：但需要注意的是，如果划拨土地方变更土地用途和合同变更的行为均合法有效，或者您无法提供充分证据证明对方的行为违法或违约，则您的诉讼请求可能得不到法院的支持。此外，如果合同中存在仲裁条款，您可能还需要先通过仲裁解决争议。

建议：

• 在决定是否向法院起诉前，建议您先仔细审查合同条款和相关法律法规，评估诉讼风险和胜诉可能性。
• 如果可能的话，尝试与划拨土地方进行协商，寻求和解或调解的方式解决争议，以节省时间和成本。
• 若您决定向法院起诉，请务必准备充分的证据材料，并咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。

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