关于划拨土地用途变更后合作改为租赁协议是否有效的问题，需分情况讨论，核心在于土地用途变更的合法性及租赁协议内容是否违反法律强制性规定。以下从不同角度详细分析：
一、土地用途变更的合法性是协议有效性的前提
若土地用途变更未经审批，租赁协议可能因违反法律强制性规定而无效
根据《中华人民共和国土地管理法》第五十六条，建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地；确需改变该幅土地建设用途的，应当经有关人民政府自然资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。
举例：若展览馆用地未经审批擅自变为寺庙用地，属于擅自改变土地用途，此时签订的租赁协议可能因违反法律强制性规定（如《民法典》第一百五十三条“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效”）而被认定无效。
若土地用途变更已获审批，租赁协议内容合法则有效
若土地用途变更已依法完成审批手续（如取得自然资源主管部门的同意文件），且租赁协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定（如租赁期限不超过二十年、租金约定合法等），则协议有效。
法律依据：《民法典》第七百零三条、第七百零五条（租赁合同定义及期限限制）。
二、租赁协议内容需独立审查，即使土地用途变更合法，协议也可能因其他条款无效
协议内容违反法律、行政法规的强制性规定
即使土地用途变更合法，若租赁协议中存在其他违法条款（如约定“永久租赁”、租金支付方式违反金融监管规定等），该部分条款无效，但不影响其他合法条款的效力（除非条款不可分割）。
举例：协议约定“租赁期限50年”，超出《民法典》规定的20年上限，超出部分无效。
协议存在欺诈、胁迫等情形
若一方以欺诈、胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销协议。
法律依据：《民法典》第一百四十八条、第一百五十条。
三、实务建议
核查土地用途变更的审批文件
要求土地方提供土地用途变更的审批文件（如政府批文、自然资源主管部门出具的同意文件），确认变更是否合法。
审查租赁协议内容
重点审查租赁期限、租金支付方式、违约责任等条款，确保不违反法律强制性规定。
咨询专业律师进行风险评估
若土地用途变更存在争议或协议条款复杂，建议委托律师对协议效力进行全面评估，并制定风险防范方案。
总结：划拨土地用途变更后合作改为租赁协议是否有效，需结合土地用途变更的合法性及协议内容综合判断。若变更未经审批，协议可能无效；若变更合法且协议内容合法，则协议有效。建议根据实际情况核查审批文件并审查协议条款，必要时咨询律师。如有进一步疑问，可直接向我咨询。