关于您2006年在农村荒废小学办幼儿园并签订长期办学合同的合法性，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 合同主体资格的合法性
   若您与小学所属的村委会、乡镇政府或教育主管部门签订合同，且对方有权处分该场地（如拥有土地使用权或管理权），则合同主体合法。但若小学已废弃且无明确管理主体，或对方无权处分场地，合同可能因主体不适格而存在效力瑕疵。
   法律依据：根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括“行为人具有相应的民事行为能力”。若合同一方无权处分场地，可能涉及无权代理或无权处分问题，需后续追认或补正手续。

2. 土地用途的合规性
   农村小学用地通常属于教育用地（划拨土地），若合同未变更土地用途（如转为商业用地），且未违反《土地管理法》第56条关于“建设单位使用国有土地需经原批准机关批准”的规定，则土地使用合法。但若擅自改变用途（如将教育用地用于幼儿园经营），可能面临行政处罚或合同无效风险。
   实践建议：需核查当地土地规划文件及合同中是否明确约定土地用途，若未约定，建议补充书面协议明确用途并报相关部门备案。

3. 合同期限的合法性
   “长期合同”的表述需具体化。根据《民法典》第705条，租赁期限不得超过二十年，超过部分无效。若合同性质为租赁（如您租用场地办学），则期限超过20年的部分无效；若为合作办学或其他性质，需结合合同具体条款判断。
   计算示例：若合同签订于2006年，约定期限为50年，则2026年后的部分无效，有效期限至2026年。

4. 程序合规性
   若办学涉及教育资质审批（如《民办学校办学许可证》），需核查合同签订时是否已取得相关资质。根据《民办教育促进法》第12条，举办民办学校需经县级教育行政部门审批，未取得资质的办学行为可能被认定为非法办学，合同可能因违反强制性规定而无效。
   风险提示：若合同中约定“甲方协助办理办学资质”但未实际履行，您可能需承担行政处罚或合同违约责任。

后续行动建议：

1. 核查合同原件：重点查看合同主体、土地用途、期限、资质审批等条款；
   
2. 咨询当地教育部门：确认办学是否需补办资质或变更土地用途；
   
3. 协商补正手续：若合同存在瑕疵，可与对方协商补充协议或办理备案；
   
4. 保留证据：如场地使用记录、缴费凭证等，以备纠纷时举证。
   

若您需进一步分析合同条款或处理具体纠纷，可直接向我咨询，我将结合合同文本及当地政策提供专项建议。