针对双方签订商品房买卖合同后又签订抵押借款协议，最终交付商品房这一情况，核心结论需结合具体情形认定，以下是不同角度的分析：

1. 若双方真实意图为买卖商品房
   • 合同效力方面：商品房买卖合同和抵押借款协议若均是双方真实意思表示，且不存在违反法律、行政法规强制性规定的情形，那么两份合同原则上都是有效的。签订抵押借款协议可能是买方资金不足，以商品房作为抵押向卖方借款来支付购房款，或者双方有其他资金往来安排。在这种情况下，交付商品房是履行买卖合同的行为，抵押借款协议作为独立的法律关系，双方也应按照约定履行，比如买方需按期偿还借款，卖方在买方不履行还款义务时，可依据抵押借款协议行使抵押权。
   • 法律关系认定：此时存在两个独立的法律关系，即商品房买卖法律关系和抵押借款法律关系。两者相互关联但又各自独立，不能因为存在抵押借款协议就否定商品房买卖合同的性质。例如，买方按照买卖合同支付了部分购房款，剩余款项通过抵押借款方式解决，卖方交付商品房后，买方取得房屋所有权，同时对卖方负有债务。
2. 若双方真实意图是以商品房买卖形式掩盖借贷法律关系（即“名为买卖，实为借贷”）
   • 合同效力方面：根据相关法律规定，以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。如果双方签订商品房买卖合同只是为了给借贷关系提供担保，并非真正想要进行商品房买卖交易，那么该商品房买卖合同可能被认定为无效。而隐藏的借贷法律行为，如果本身不存在法定无效情形，是有效的。比如，双方约定如果买方到期不能偿还借款，商品房就归卖方所有，这种“流押”条款虽然无效，但不影响借贷关系的效力。
   • 法律关系认定：此时实际存在的法律关系是借贷关系，商品房买卖合同只是表象。在处理此类纠纷时，法院会透过现象看本质，根据双方的真实意思表示和实际履行情况来认定法律关系。例如，买方没有真正支付购房款的意思，只是按照借贷金额支付了部分款项作为借款，卖方交付商品房也不是基于买卖的目的，而是为了保障借款的偿还，这种情况下就会认定双方是借贷关系。
3. 若涉及让与担保等非典型担保情形
   • 合同效力方面：让与担保是指债务人或者第三人与债权人约定将财产形式上转移至债权人名下，债务人不履行到期债务，债权人有权就财产变价所得优先受偿。如果双方签订商品房买卖合同和抵押借款协议构成让与担保，在不存在违反法律、行政法规强制性规定的情况下，相关约定是有效的。但要注意，让与担保中关于债务人不履行到期债务时财产归债权人所有的约定（流质条款）是无效的。
   • 法律关系认定：此时商品房买卖合同是让与担保的外在表现形式，双方实质上建立了让与担保法律关系。卖方将商品房交付给买方（形式上可能表现为过户登记等），是为了担保借款的偿还。当买方按期偿还借款后，卖方应协助买方将商品房恢复至原来的状态；如果买方不能偿还借款，卖方有权就商品房变价所得优先受偿，但不能直接取得商品房的所有权。

在实际操作中，要认定这种情况需要综合考虑多方面因素，如合同签订的背景、目的、双方的实际履行情况、资金往来等。如果你有相关的法律问题，可以直接向我咨询。