关于判例十二中认购协议与商品房买卖合同签订时间不同、付款方式约定不同时如何认定涉案的问题，这主要涉及到合同效力及履行情况的认定，以下从不同角度进行分析：

1. 合同效力认定：

   • 认购协议与商品房买卖合同的关系：认购协议通常被视为预约合同，即双方为将来订立正式的商品房买卖合同而达成的协议。而商品房买卖合同则是本约合同，直接规定了双方买卖房屋的具体权利和义务。若两者签订时间不同，但内容不冲突，且均符合法律规定，则两者均有效。
   • 付款方式约定的差异：付款方式是合同中的重要条款，但认购协议与商品房买卖合同中关于付款方式的约定不同，并不必然导致合同无效。关键在于双方是否在后续签订的商品房买卖合同中明确约定了付款方式，并以此为准履行。若商品房买卖合同中已明确约定，则应以该合同为准。

2. 涉案认定：

   • 以商品房买卖合同为准：在认购协议与商品房买卖合同存在差异的情况下，通常应以最后签订的、内容更为详细的商品房买卖合同为准。因为商品房买卖合同是双方对买卖房屋事宜的最终确认，包含了更全面的权利和义务约定。
   • 考虑实际履行情况：除了合同文本外，法院在认定涉案时还会考虑双方的实际履行情况。例如，如果买方已经按照商品房买卖合同中的付款方式支付了房款，而卖方也接受了该付款，那么这可以视为双方对商品房买卖合同中付款方式的认可。
   • 判例的参考作用：判例十二虽然具体案情未知，但判例中的裁判思路和原则对类似案件具有参考作用。在处理类似案件时，可以借鉴判例中的裁判要点，如合同效力的认定、实际履行情况的考量等。

3. 法律建议：

   • 审查合同条款：在签订认购协议和商品房买卖合同时，应仔细审查合同条款，确保双方对付款方式等关键条款有明确的约定，并避免出现冲突或模糊不清的情况。
   • 保留证据：在合同履行过程中，应保留好相关证据，如付款凭证、收据、沟通记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
   • 及时咨询律师：如果遇到合同纠纷或涉案认定等问题，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。

在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此法院在认定涉案时会综合考虑多种因素。如果您遇到类似问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律意见。