结论前置：实习期扣工资超过百分之二十是否违法，需分情况讨论。若实习生与用人单位构成劳动关系，则扣工资超过百分之二十违法；若不构成劳动关系，则需依据双方约定及公平原则判断。以下为详细分析：
一、构成劳动关系的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。这一规定同样适用于实习生，若实习生与用人单位构成劳动关系（如签订了劳动合同、存在事实劳动关系等），则其工资支付应遵循此规定。
违法情形：
- 若用人单位在实习期扣工资超过百分之二十，且该扣除行为导致实习生的工资低于上述标准，则构成违法。例如，若实习生约定工资为每月3000元，用人单位扣除超过600元（即超过百分之二十）后，若剩余工资低于当地最低工资标准或相同岗位最低档工资的百分之八十，则违法。
法律后果：
- 用人单位需承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。实习生有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
二、不构成劳动关系的情况
法律依据：
- 若实习生与用人单位不构成劳动关系（如未签订劳动合同、仅存在实习协议等），则工资支付问题可能不受《中华人民共和国劳动合同法》的直接调整。此时，需依据双方签订的实习协议、学校规定或公平原则来判断。
合法情形：
- 若实习协议中明确约定了工资扣除的比例和条件，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于最低工资标准等），则用人单位按照约定扣除工资可能不构成违法。但需注意，该约定应公平合理，不得显失公平或损害实习生的合法权益。
违法情形：
- 若实习协议中未约定工资扣除事项，或约定不明确，用人单位擅自扣除工资超过百分之二十，且该扣除行为导致实习生的实际收入显著低于其劳动价值或市场水平，则可能构成违法。此时，实习生有权依据《中华人民共和国民法典》中关于合同、侵权等规定，向用人单位主张权利。
三、建议与提醒
签订书面协议：
- 实习生在入职前应与用人单位签订书面实习协议或劳动合同，明确工资支付标准、扣除条件等事项，以维护自身权益。
保留证据：
- 实习生应保留好工资条、银行转账记录等证据，以便在发生纠纷时证明自己的工资收入情况。
及时维权：
- 若发现用人单位存在违法扣除工资等行为，实习生应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，避免超过时效期间而丧失维权机会。
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