结论前置：实习期底薪被扣是否违法，需根据具体情况判断。一般情况下，未经法定程序或未征得实习生同意擅自扣除底薪是违法的，但在特定情况下，如合同约定或经济损失赔偿等，扣除底薪可能合法。
一、一般情况下的违法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，虽然实习生与用人单位之间可能未签订正式的劳动合同，但实习生提供的劳动同样应获得相应的报酬。实习协议或相关约定中明确规定的实习报酬及支付方式，具有法律效力，用人单位无故克扣底薪违反了这些约定和民事法律的相关规定。
违法情形：
- 如果用人单位未经法定程序或未征得实习生同意，擅自扣除实习生的底薪，这通常被视为违法行为。实习生在提供正常劳务的情况下，用人单位随意克扣底薪，侵害了实习生获取劳动报酬的权利。
二、合法扣除底薪的情形
合同约定：
- 如果实习协议或相关约定中明确规定了底薪扣除的条件和标准（例如，实习生违反公司规定造成损失时的扣除条款），且这些约定不违反法律法规，那么在符合约定条件时，用人单位可以依法扣除部分底薪。但扣除后的底薪不得低于当地最低工资标准（如果有的话，对于实习生可能不直接适用最低工资标准，但应确保扣除后的报酬合理）。
经济损失赔偿：
- 如果实习生因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位有权依据相关规定和约定扣除部分底薪作为赔偿。扣除的金额需合理，且应有充分证据证明损失的存在以及实习生的过错。同时，扣除后的报酬应确保实习生的基本生活需求。
规章制度：
- 如果用人单位有明确、合理且已向实习生公示告知的规章制度，其中规定了可以扣除底薪的情形，且扣除行为符合规章制度的要求，不违反法律法规，那么这种扣除可能是合法的。
三、实习生的维权途径
协商与投诉：
- 实习生认为用人单位扣除底薪的行为违法或不合理时，应先与用人单位进行协商沟通，要求其说明扣底薪的原因并解决问题。协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉，或者根据具体情况申请劳动仲裁（如果实习生与用人单位之间的关系被认定为劳动关系）或民事诉讼来维护自己的合法权益。
法律支持：
- 在维权过程中，实习生可以向我咨询以获取更具针对性的法律建议和帮助。我可以协助实习生分析案情、准备证据材料，并提供法律支持，确保实习生的权益得到妥善维护。
举例说明：假设小张是一名实习生，与某公司签订了实习协议，约定每月底薪为3000元。后来，公司以小张违反公司规定为由，擅自扣除了500元底薪。如果小张认为公司的扣除行为没有合法依据，他可以先与公司协商，要求公司说明扣除原因并退还扣除的底薪。如果协商不成，小张可以向当地劳动监察部门投诉，或者根据具体情况选择申请劳动仲裁或民事诉讼来维护自己的权益。
综上所述，实习期底薪被扣是否违法需根据具体情况判断。实习生应了解自己的权益，并在遇到问题时通过合法途径维护自己的利益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规和合同约定，合理支付实习生底薪。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。