结论：在申请劳动仲裁时，确定应申请哪家公司作为被申请人，需根据您与两家公司之间的实际劳动关系来判断。以下是几种可能的情况及对应的分析：
若您一直与最初发工资的公司存在劳动关系，而另一家公司仅是代发工资：
- 在这种情况下，您应申请最初发工资的公司作为劳动仲裁的被申请人。因为代发工资的行为并不改变劳动关系的归属，您与最初发工资的公司之间存在事实上的劳动关系，该公司应承担相应的劳动法律责任。
若您后来与代发工资的公司建立了劳动关系，而最初发工资的公司不再与您有关联：
- 如果您后来与代发工资的公司签订了劳动合同，或者存在事实上的劳动关系（如接受该公司的管理、从事该公司安排的工作等），而最初发工资的公司不再与您有任何劳动关系上的联系，那么您应申请代发工资的公司作为劳动仲裁的被申请人。
若两家公司存在关联关系，且难以区分劳动关系：
- 在某些情况下，两家公司可能存在关联关系（如母公司与子公司、总公司与分公司等），且您的工资发放、工作安排等可能涉及两家公司。在这种情况下，确定劳动关系可能相对复杂。您需要仔细审查与两家公司之间的合同、工作安排、工资发放记录等证据，以确定哪家公司与您存在事实上的劳动关系。如果确实难以区分，您可能需要将两家公司都列为被申请人，或者根据具体情况选择更有可能承担责任的公司作为被申请人。
法律建议：
- 在申请劳动仲裁前，建议您先收集并整理好与两家公司之间的相关证据，如劳动合同、工资发放记录、工作安排通知、考勤记录等。这些证据将有助于您证明与哪家公司存在劳动关系，以及该公司应承担的劳动法律责任。
- 如果您对劳动关系的确定存在疑问，或者不确定应申请哪家公司作为被申请人，建议您咨询专业的劳动法律师。律师可以根据您的具体情况和提供的证据，为您分析劳动关系归属，并给出具体的法律建议。
可能后果：
- 如果您错误地选择了被申请人，可能会导致劳动仲裁申请被驳回或者无法获得应有的赔偿。因此，在申请劳动仲裁前，务必确保您已经准确地确定了与您存在劳动关系的公司。
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