代发工资的情况下，劳动者依然可以申请劳动仲裁，但具体能否成功取决于争议的内容和证据情况。以下从不同角度为你详细分析：

一、代发工资与劳动仲裁的关系

代发工资本身并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。劳动仲裁是劳动者与用人单位之间因劳动权益发生争议时，通过法律途径解决纠纷的一种方式。无论工资是由用人单位直接发放，还是由第三方代发，只要存在劳动争议，劳动者都有权申请劳动仲裁。

二、可以申请劳动仲裁的具体情形

1. 工资支付问题：

   • 支付不足额：如果代发工资的金额低于劳动合同约定的金额、当地最低工资标准，或者加班工资、绩效奖金、提成等未足额支付，劳动者可以就差额部分申请仲裁。
   • 支付不及时：用人单位未按约定日期通过代发方式支付工资，即使后来补发，劳动者仍可就逾期支付行为申请仲裁，要求支付赔偿金。

2. 其他劳动权益纠纷：

   • 劳动关系确认：对于劳动关系的存在与否有争议时，劳动者可以申请仲裁进行确认，无论工资是否由第三方代发。
   • 合同变更与解除：涉及劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止过程中的争议，如经济补偿或赔偿金问题，均可申请仲裁。
   • 休息休假与社会保险：关于工作时间、休息休假、社会保险缴纳、福利、培训以及劳动保护等方面的争议，同样可以申请仲裁。
   • 工伤待遇：对于工伤认定及工伤待遇支付存在的争议，劳动者也有权申请仲裁。

三、申请劳动仲裁的注意事项

1. 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在发现权益受损后，应及时申请仲裁，以免超过时效。

2. 证据收集：劳动者应充分收集并整理相关证据材料，如劳动合同、工资条（即使代发，也应有相关记录）、银行流水记录（显示代发工资的入账情况）、考勤记录、加班通知、工作沟通记录等。这些证据对于证明自己的主张至关重要。

3. 提交申请书：按照相关规定填写并提交劳动仲裁申请书，详细阐述争议事实、请求事项及理由，并附上相关证据材料。申请书应清晰、准确、全面地反映劳动者的诉求。

4. 了解法律法规：熟悉相关的法律法规和程序规定，以便更好地维护自己的合法权益。在仲裁过程中，劳动者应与用人单位进行有效沟通，理性表达自己的诉求。

四、实际案例与法律解释

假设某劳动者与用人单位签订了劳动合同，约定工资由第三方代发。但后来劳动者发现，代发的工资中扣除了部分不应扣除的费用，导致实际到手工资低于约定金额。此时，劳动者可以收集相关证据（如劳动合同、工资条、银行流水记录等），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位补发差额工资并支付可能的赔偿金。

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险等发生的争议，均属于劳动仲裁的受理范围。因此，在代发工资的情况下，只要存在劳动争议，劳动者就有权申请劳动仲裁。

总结与建议：代发工资并不影响劳动者申请劳动仲裁的权利。如果劳动者与用人单位之间存在劳动争议，无论工资是否由第三方代发，都可以依法申请仲裁。在申请仲裁前，劳动者应充分收集证据、了解法律法规，并按照规定提交申请书。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。