结论前置：合作协议下不发工资是否可以申请劳动仲裁，需根据合作协议的性质及双方实际法律关系来判断。若双方构成劳动关系，则可以申请劳动仲裁；若构成劳务关系或其他民事关系，则一般不能申请劳动仲裁，但可通过民事诉讼解决。

详细分析：

1. 若合作协议构成劳动关系：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系发生的争议，以及因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议等，均属于劳动争议，适用该法。若合作协议实质上构成了劳动合同，即双方存在管理与被管理、支配与被支配的关系，且劳动者提供劳动是用人单位业务的组成部分，那么双方构成劳动关系。
   • 法律建议：在此情况下，若用人单位不发工资，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的经济补偿。

2. 若合作协议构成劳务关系或其他民事关系：

   • 法律背景：劳务关系是指劳动者与用工者根据口头或书面约定，由劳动者向用工者提供一次性的或者是特定的劳动服务，用工者依约向劳动者支付劳务报酬的一种有偿服务的法律关系。若合作协议更侧重于双方平等主体间的合作，而非管理与被管理的关系，且劳动者提供的劳动并非用人单位业务的组成部分，那么双方可能构成劳务关系或其他民事关系。
   • 法律建议：在此情况下，若一方不发工资（或劳务报酬），则一般不能申请劳动仲裁。但劳动者（或提供劳务者）可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，向人民法院提起民事诉讼，要求对方支付拖欠的报酬及可能的违约金或损失赔偿。

进一步思考：

• 在判断合作协议的性质时，需综合考虑协议内容、双方实际履行情况、行业惯例及法律法规等因素。
• 若对合作协议的性质存在争议，建议咨询专业律师进行法律分析，以明确双方的法律关系及相应的权利义务。
• 在申请劳动仲裁或提起民事诉讼前，建议收集并保存好相关证据，如合作协议、工资支付记录、工作记录等，以便在争议解决过程中证明自己的主张。

总结：合作协议下不发工资是否可以申请劳动仲裁，需根据具体情况判断。若构成劳动关系，则可以申请劳动仲裁；若构成劳务关系或其他民事关系，则一般不能申请劳动仲裁，但可通过民事诉讼解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。