在起诉“小三”的案件中，一般不能直接申请调查其电话通话内容，但在特定情况下，可以通过合法途径获取相关证据。以下从几个方面为你详细分析：
一、一般情况下的限制
电话通话内容属于个人隐私范畴，受到法律的保护。在民事诉讼中，当事人不能随意申请调查他人的电话通话内容，因为这可能侵犯他人的隐私权。法院在审理案件时，也会严格遵循法律程序，保护当事人的合法权益，不会轻易允许对他人隐私的调查。
二、特定情况下的合法获取途径
通过合法程序申请调查令：
- 在某些特定情况下，如果通话内容与案件事实紧密相关，且无法通过其他合法途径获取，你可以向法院申请调查令，要求相关通信运营商提供通话记录。但需要注意的是，调查令通常只能获取通话的时间、对方号码等基本信息，而无法直接获取通话内容。
- 申请调查令需要满足一定的条件，如提供初步证据证明通话内容与案件有关，且无法通过其他途径获取等。法院会根据具体情况决定是否批准调查令。
在刑事诉讼中作为证据使用：
- 如果“小三”的行为涉嫌犯罪，如重婚罪等，公安机关在侦查过程中有权依法调取通话记录作为证据。在这种情况下，你可以向公安机关报案，并提供相关线索，协助公安机关进行调查。
- 但需要注意的是，刑事诉讼中的证据收集和使用有严格的法律程序和规定，必须确保证据的合法性和有效性。
三、法律建议与风险提示
尊重他人隐私权：
- 在追求自身权益的同时，也要尊重他人的隐私权。不要试图通过非法手段获取他人的通话内容或其他隐私信息，否则可能面临法律责任。
合法收集证据：
- 在起诉“小三”的案件中，应尽可能通过合法途径收集证据，如聊天记录、转账记录、证人证言等。这些证据在法庭上更具说服力，且不会侵犯他人的合法权益。
咨询专业律师：
- 如果你在起诉过程中遇到法律难题或不确定如何收集证据，建议及时咨询专业律师。我可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
总结来说，虽然一般情况下不能直接申请调查“小三”的电话通话内容，但在特定情况下，你可以通过合法途径获取相关证据。在追求自身权益的同时，也要尊重他人的隐私权，并合法收集证据。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。