结论：员工在休息期间脚扭伤，若该伤害被认定为工伤，则即使三个月不能上班，用人单位也应支付工资；若不被认定为工伤，则需根据具体情况判断用人单位是否应支付工资，一般情况下，非因工负伤且不符合病假条件的，用人单位可能无需支付工资。
分析：
工伤认定情况：
- 工伤定义：根据《工伤保险条例》的规定，工伤是指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或者工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害等情形。若员工在休息期间脚扭伤，但该扭伤与工作有直接关联（例如，因工作需要加班后回家途中扭伤，且能证明与工作有直接因果关系），或者符合其他工伤认定情形，则可能被认定为工伤。
- 工资支付：一旦被认定为工伤，根据《工伤保险条例》的规定，员工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，具体期限根据医疗机构出具的证明确定。因此，若员工脚扭伤被认定为工伤，且三个月仍在停工留薪期内，用人单位应支付工资。
非工伤认定情况：
- 非工伤定义：若员工脚扭伤不符合工伤认定条件，则属于非因工负伤。
- 工资支付：对于非因工负伤的员工，用人单位是否应支付工资取决于多种因素，如员工是否享受病假待遇、是否符合病假条件等。若员工不符合病假条件，且用人单位规章制度或劳动合同中未规定非因工负伤期间的工资支付方式，则用人单位可能无需支付工资。但需注意，若员工因伤无法工作且用人单位未提供相应保障（如调整工作岗位、安排病假等），可能面临劳动纠纷风险。
建议：
员工方面：
- 若认为脚扭伤与工作有关，应及时向用人单位报告，并申请工伤认定。
- 保留好相关医疗证明和费用单据，以便后续维权。
- 若不符合工伤认定条件，但确实因伤无法工作，可与用人单位协商病假或调整工作岗位等事宜。
用人单位方面：
- 建立健全工伤认定和报告制度，确保员工受伤后能及时得到处理。
- 对于非因工负伤的员工，应根据实际情况和规章制度妥善处理工资支付问题，避免劳动纠纷。
- 加强与员工的沟通，了解员工需求，提供必要的帮助和支持。
后续行动：
- 若员工对工伤认定结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 若用人单位与员工就工资支付问题无法达成一致，可向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
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