被辞退时公司只赔底薪，这一行为是否合法，需根据具体情况及劳动合同约定来判断，但通常情况下，仅按底薪赔偿是不合法的。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律层面分析
工资总额组成：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包含计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资。因此，劳动者的月工资不仅指底薪，还包括其他应得收入，如绩效工资、奖金等。
经济补偿计算：
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿应按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“工资”指的是劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，包含底薪以外的其他收入部分。因此，若公司仅按底薪进行赔偿，显然违反了这一规定。
违法辞退的后果：
- 若用人单位违法辞退员工，即无合法解雇理由或未遵循法定程序，除需支付实际工作工资外，还需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这进一步强调了公司不能仅按底薪进行赔偿的违法性。
二、实际情况考量
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了在辞退时工资仅按底薪计算，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时用人单位能证明该约定的合理合法性（例如基于公平合理的绩效考核制度），这样的约定可能被视为有效。然而，这种情况较为罕见，且公司需承担严格的证明责任。
公司行为合理性：
- 即便劳动合同中有相关约定，如果公司无法证明其约定的合理合法性，或者该约定明显损害了劳动者的合法权益，那么这样的约定也可能被视为无效。在此情况下，公司仍需按照劳动者的实际工资所得进行赔偿。
三、应对措施与建议
沟通协商：
- 首先，建议与公司进行沟通协商，明确公司仅按底薪赔偿的依据和理由。尝试通过协商达成一个双方都能接受的赔偿方案。
法律维权：
- 如果公司拒绝协商或协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉，申请劳动仲裁，甚至提起诉讼以维护自己的合法权益。在维权过程中，劳动者应收集并保留好相关证据，如劳动合同、工资条、辞退通知等。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，由于涉及复杂的法律条款和程序，建议劳动者咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。作为陈玉宁律师，我擅长处理刑事辩护、交通事故、经济纠纷等领域的问题，包括劳动工伤纠纷。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。
综上所述，被辞退时公司只赔底薪的行为在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的合法权益和法律规定，采取适当的应对措施以保护自己的合法权益。