企业科长因犯罪被判处拘役的，企业应依法解除其职务，并根据内部规章制度和实际情况决定是否进一步处理，同时需关注员工权益保护及企业合规管理。以下从法律和企业管理的角度进行详细分析：

一、法律层面：拘役对职务的影响及企业义务

1. 拘役的法律性质
   根据《中华人民共和国刑法》第四十二条，拘役是短期自由刑，期限为1个月以上6个月以下，由公安机关就近执行。被判处拘役的犯罪分子，在执行期间丧失人身自由，无法正常履行职务。

2. 职务解除的法律依据

   • 《劳动合同法》第三十九条：劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。企业科长作为劳动者，若因犯罪被判处拘役，企业有权单方解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
     
   • 《公务员法》或《事业单位工作人员处分暂行规定》（如适用）：若科长属于公务员或事业单位人员，被判处拘役的，应给予开除处分（依据《行政机关公务员处分条例》第十七条或《事业单位工作人员处分暂行规定》第二十二条）。

3. 企业义务

   • 程序合规：解除职务或劳动合同需遵循法定程序，如通知工会、出具解除证明等。
     
   • 工资结算：拘役期间若未解除劳动合同，企业可暂停支付工资；若解除合同，需结清工资及经济补偿（如适用）。
     
   • 社保处理：拘役期间社保由企业代缴，解除合同后需办理停保手续。

二、企业管理层面：后续处理建议

1. 内部调查与合规审查

   • 调查科长犯罪是否与企业业务相关（如贪污、受贿等），若存在职务违法，需向公安机关报案并配合调查。
     
   • 审查企业内部管理漏洞，完善监督机制，避免类似事件再次发生。

2. 职务替代与交接

   • 临时指定代理人或调整组织架构，确保部门工作正常运转。
     
   • 妥善保管科长在职期间的文件、资料，避免信息泄露或丢失。

3. 员工关系与声誉管理

   • 向员工通报处理结果（注意保护个人隐私），维护企业公信力。
     
   • 若事件引发舆论关注，需制定公关策略，降低负面影响。

三、特殊情形处理

1. 缓刑或免于刑事处罚
   若科长被判处缓刑或免于刑事处罚，企业可根据内部规章制度决定是否保留职务，但需注意：

   • 缓刑考验期内，劳动者权利受限（如不得担任企业高管），企业可调整其岗位。
     
   • 免于刑事处罚不构成“被追究刑事责任”，企业无权直接解除合同，需依据其他理由（如严重违纪）处理。

2. 复职可能性
   拘役执行完毕后，科长若希望复职，企业可拒绝，但需基于合法理由（如岗位已调整、能力不匹配等），避免歧视诉讼风险。

四、风险提示

1. 违法解除风险
   若企业未依法解除合同（如未履行通知程序、错误认定“被追究刑事责任”），可能面临支付赔偿金或继续履行合同的风险。

2. 劳动争议预防
   建议企业完善规章制度，明确“被追究刑事责任”的具体情形及处理流程，并通过民主程序公示，增强处理依据的合法性。

总结：企业科长被判处拘役后，企业应优先从法律角度解除其职务，并同步开展内部管理优化与风险防控。具体操作需结合科长身份（如公务员、普通劳动者）、犯罪性质及企业规章制度综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。