结论：招标设置最低价评分但签合同以平均价签，这种做法的合理性需分情况讨论，不一定完全合理，也可能存在一定合理性，具体取决于招标文件的规定、双方协商情况以及是否违反相关法律法规的强制性规定。以下从不同角度进行分析：
一、从招标文件规定和双方协商角度
招标文件明确规定：
- 如果招标文件在发布时已经明确规定了评标方法（如最低价评分）以及合同签订价格确定方式（如以平均价签合同），并且所有投标人在投标前都已知悉并同意这些规定，那么这种做法在双方协商一致的基础上是合理的。因为招标文件是招标活动的法律依据，投标人参与投标即视为接受招标文件的所有条款。
双方后续协商一致：
- 即使在招标文件中没有明确规定合同签订价格以平均价为准，但如果中标后双方通过协商达成一致意见，同意以平均价签订合同，那么这种做法也是合理的。因为合同是双方意思表示一致的产物，只要不违反法律法规的强制性规定，双方可以自由约定合同内容。
二、从法律法规强制性规定角度
违反公平、公正原则：
- 如果招标文件中的规定或双方后续的协商违反了法律法规中关于公平、公正原则的规定，那么这种做法可能被视为不合理。例如，如果招标人通过设置最低价评分来诱导投标人降低报价，然后又在合同签订时以平均价为准，从而获取不当利益，这种行为可能损害了其他投标人的合法权益，违反了公平、公正原则。
违反招投标法相关规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规的规定，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。如果招标文件中的评标方法与合同签订价格确定方式存在显著差异，且这种差异没有合理的解释或依据，那么可能违反了招投标法的相关规定，从而被视为不合理。
三、实际操作中的建议
仔细审查招标文件：
- 在参与投标前，投标人应仔细审查招标文件中的所有条款，特别是关于评标方法和合同签订价格确定方式的规定。如果发现存在不合理或模糊不清的地方，应及时向招标人提出询问或质疑。
保留相关证据：
- 在投标和合同签订过程中，投标人应保留好所有相关的证据材料，如招标文件、投标文件、中标通知书、协商记录等。这些证据材料在后续可能发生的纠纷中将成为重要的法律依据。
寻求法律帮助：
- 如果投标人对招标文件中的规定或合同签订价格确定方式存在疑问或争议，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助投标人维护自己的合法权益。
总结来说，招标设置最低价评分但签合同以平均价签的做法是否合理，取决于招标文件的规定、双方协商情况以及是否违反相关法律法规的强制性规定。在实际操作中，投标人应仔细审查招标文件、保留相关证据并寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。