结论：雇主责任险50万保额在工作时间因自身疾病48小时内死亡，合同中约定赔偿50万的条款，其有效性需结合具体合同条款、保险条款以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同条款的有效性

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，如果雇主责任险的合同中明确约定了因工作时间内因自身疾病48小时内死亡，保险公司应赔偿50万，且该约定不违反上述原则，那么该条款在合同双方之间是有效的。

2. 保险条款的审查：然而，需要注意的是，雇主责任险的具体赔偿范围和条件通常由保险条款详细规定。因此，除了审查合同中的约定外，还需要仔细审查保险条款，确认该约定是否与保险条款相符，以及保险条款中是否存在对该类情况的特别规定或限制。

二、保险赔偿的触发条件

1. 工作时间与疾病的关系：雇主责任险通常覆盖的是因工作原因导致的伤害或疾病。如果员工在工作时间因自身疾病死亡，且该疾病与工作无直接关联，那么保险公司可能会根据保险条款拒绝赔偿或提出异议。但在此案例中，由于合同中已明确约定了赔偿条件，因此需进一步审查该约定是否与保险条款中的“工作原因”定义相符或存在特别约定。

2. 48小时内的死亡：合同中约定的“48小时内死亡”是一个重要的时间限制条件。这一条件通常与工伤保险中的相关规定相呼应，用于界定是否属于工伤范畴（尽管雇主责任险与工伤保险在性质上有所不同）。在审查合同有效性时，需要确认这一时间限制是否合理，以及是否与保险条款中的相关规定一致。

三、法律后果与建议

1. 如果合同与保险条款一致且合法：如果合同中的约定与保险条款相符，且不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。在这种情况下，如果员工在工作时间因自身疾病48小时内死亡，保险公司应按照合同约定赔偿50万。

2. 如果合同与保险条款存在冲突或违法：如果合同中的约定与保险条款存在冲突，或者违反了法律法规的强制性规定，那么该约定可能是无效的。在这种情况下，保险公司可能会拒绝赔偿或提出减少赔偿金额的要求。此时，建议雇主与保险公司进行协商，或者寻求法律途径解决争议。

3. 建议措施：

   • 仔细审查合同与保险条款：在签订雇主责任险合同前，雇主应仔细审查合同条款和保险条款，确保双方对赔偿范围和条件有清晰的理解。
   • 咨询专业律师：如果雇主对合同条款或保险条款存在疑问，或者担心可能发生的法律纠纷，建议咨询专业律师以获取法律意见。
   • 保留相关证据：在发生员工死亡事件后，雇主应保留与事件相关的所有证据，包括医疗记录、死亡证明、工作时间记录等，以便在需要时提供给保险公司或法院。

综上所述，雇主责任险50万保额在工作时间因自身疾病48小时内死亡合同赔偿50万的约定是否有效，需结合具体合同条款、保险条款以及相关法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。