公司仅核算加班到十一点半而实际加班至凌晨两点，属于未足额支付加班工资，劳动者有权要求公司补足差额，并可通过协商、投诉或劳动仲裁等途径维权。具体分析如下：

1. 加班时间的认定应以实际工作时长为准
   根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者加班的，需支付不低于工资150%（工作日）、200%（休息日）或300%（法定节假日）的加班费。加班时间的计算应以劳动者实际提供劳动的时间为准，而非公司单方面规定的“核算截止时间”。若你实际工作至凌晨两点，公司仅按十一点半核算，属于未如实记录加班时长，涉嫌违法。

2. 劳动者可采取的维权步骤

   • 第一步：固定证据
     需证明实际加班事实，例如：
     
     • 考勤记录（如打卡记录、指纹/人脸识别记录）；
       
     • 工作邮件、聊天记录等证明凌晨仍在工作的证据；
       
     • 同事证言（如有其他员工能证明加班情况）；
       
     • 公司关于加班制度的书面文件（如员工手册、加班申请表等）。
       
   • 第二步：与公司协商
     向公司人力资源部门或直接上级提出异议，要求按实际加班时长补发工资差额。协商时注意保留书面沟通记录（如邮件、微信）。
     
   • 第三步：投诉或仲裁
     若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（通常通过12333热线或官网），或直接申请劳动仲裁。仲裁需提交仲裁申请书、证据材料及身份证明，仲裁时效为1年（自知道权益受损之日起计算）。

3. 公司可能提出的抗辩及应对

   • 抗辩1：十一点半后为“自愿留岗”
     若公司主张十一点半后是劳动者自愿留下，非公司安排，则需公司举证（如加班申请表需劳动者签字确认）。若无证据，仲裁机构通常采信劳动者主张。
     
   • 抗辩2：加班需提前审批
     若公司制度规定“加班需审批”，但实际未执行或审批流程不合理（如故意不审批），劳动者仍可主张实际加班工资。制度本身需经民主程序制定并公示，否则无效。
     
   • 应对建议：无论公司如何抗辩，劳动者只需证明“实际提供了劳动”即可，举证责任在公司一方（需证明未安排加班或已支付工资）。

4. 额外注意事项

   • 加班时长限制：根据《劳动法》第四十一条，每日加班一般不超过1小时，特殊情况不超过3小时，每月不超过36小时。若长期超时加班，可同时主张公司违法延长工作时间（但此点不影响加班工资主张）。
     
   • 离职补偿：若因公司未支付加班工资离职，可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     

行动建议：优先与公司协商并固定证据，若公司态度强硬，直接向劳动监察部门投诉或申请仲裁。维权过程中注意保留所有证据原件，避免公司销毁或篡改记录。如有疑问，可进一步提供具体细节（如公司制度、考勤方式等），我会帮你分析证据效力及维权策略。