结论：员工已离职但未及时做减员且未扣费用的情况下，公司仍然可以依法进行减员操作，但需注意处理相关费用及手续问题，以避免潜在的法律风险。

分析说明：

1. 减员的合法性：

   • 员工离职后，其与公司之间的劳动关系即告终止。因此，从法律上讲，公司有权对已离职的员工进行减员操作，无需再承担为其缴纳社保、公积金等费用的义务。
   • 然而，减员操作需遵循公司内部的规章制度以及相关法律法规的规定，如提前通知、办理离职手续等。若公司未按照规定程序进行减员，可能会面临劳动纠纷或行政处罚等风险。

2. 未扣费用的处理：

   • 若员工离职时，公司未及时扣除其应承担的费用（如社保个人部分、公积金个人部分等），公司应尽快与员工联系，协商解决费用扣除问题。
   • 若员工同意补缴费用，公司可与其签订补缴协议，并按照协议约定进行费用扣除。
   • 若员工拒绝补缴费用，公司可考虑通过法律途径追讨，但需注意诉讼时效及证据收集等问题。

3. 减员操作的具体步骤：

   • 通知员工：公司应提前通知员工其已被减员，并说明减员的原因、时间及相关手续。
   • 办理离职手续：员工需按照公司规定办理离职手续，如归还公司财物、结清工资及费用等。
   • 停缴社保及公积金：公司应在员工离职后及时停缴其社保及公积金，避免产生不必要的费用。
   • 更新员工信息：公司应更新员工信息管理系统，将已离职员工的信息进行标注或删除，以便后续管理。

4. 潜在法律风险及防范：

   • 劳动纠纷风险：若公司未按照规定程序进行减员或未及时处理未扣费用问题，可能会引发劳动纠纷。为防范此类风险，公司应完善内部规章制度，明确减员及费用扣除的流程和标准。
   • 行政处罚风险：若公司未依法为员工缴纳社保及公积金或未及时停缴，可能会面临行政处罚。为防范此类风险，公司应加强与社保及公积金管理部门的沟通，确保合规操作。

行动建议：

• 公司应尽快与已离职但未及时做减员的员工联系，协商解决费用扣除问题，并按照规定程序进行减员操作。
• 公司应完善内部规章制度，明确减员及费用扣除的流程和标准，以防范潜在的法律风险。
• 若公司在处理此类问题时遇到困难或疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。