当员工离职后，单位忘记及时为其办理社保减员手续，导致系统产生了欠缴费用时，单位应当采取以下步骤来处理这一问题：

首先，单位需要明确欠缴费用的具体情况，包括欠缴的社保项目、金额以及欠缴的时间段。这可以通过查询社保系统的缴费记录或联系社保经办机构来获取详细信息。

接下来，单位应当与离职员工进行沟通，说明欠缴费用的情况，并协商解决方案。根据社保政策，单位和员工在劳动关系存续期间应共同承担社保缴费责任。因此，对于欠缴的费用，单位和员工应当共同补齐。如果员工已经离职且无法联系到，单位需要承担这部分的补缴责任。

如果单位补缴确有困难，或者员工急需办理减员手续，可以在员工确认的前提下，持相关证明材料（如参加社会保险人员减少花名册、终止劳动关系证明、员工确认书等）到社保经办机构柜台办理带欠减员。这意味着欠费会留在原单位，待单位有能力缴费时再进行补缴。但需要注意的是，未补足欠费的人员可能会影响其养老关系转移、死亡继承以及退休待遇的领取。

另外，如果因为单位未及时为离职员工办理社保减员手续而引发了纠纷，单位应当积极与员工协商解决。如果协商无果，单位可以向当地社保经办机构反映情况，寻求帮助和解决方案。在必要时，也可以寻求法律援助或咨询专业律师来处理复杂的法律问题。

总之，单位在处理员工离职后的社保减员和欠缴费用问题时，应当遵循相关法律法规和政策规定，积极与员工沟通协商，并及时向社保经办机构寻求帮助和解决方案。这样才能确保问题的妥善解决，维护单位和员工的合法权益。