针对您提出的“有费用没扣员工离职了怎么办”这一问题，我会从以下几个方面为您详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工离职时，如果存在未扣除的费用（如借款、预支款、培训费用分摊等），公司通常有权在员工离职结算时进行扣除。然而，如果员工在离职前已经完成了相关的工作或服务，且公司未能在离职前及时扣除这些费用，那么公司需要采取相应的措施来追回这些费用。
接下来，我们分析几种可能的情况及对应的处理方式：
费用性质明确且可追溯：
- 如果未扣除的费用性质明确，如借款或预支款，且公司有相关的记录和凭证，那么公司可以通过与员工协商，要求员工在离职后的一定期限内归还这些费用。
- 如果员工拒绝归还，公司可以考虑通过法律途径来追回这些费用，如提起诉讼或申请仲裁。
费用与工作相关且难以直接追溯：
- 如果未扣除的费用与工作相关，如培训费用分摊，但难以直接追溯到具体的员工或项目，公司可能需要重新评估这些费用的分摊方式，并考虑在未来的薪酬或福利政策中进行调整。
- 同时，公司也可以加强内部管理，确保在员工离职前能够及时、准确地扣除所有相关费用。
员工离职原因与费用扣除相关：
- 如果员工离职是因为公司存在拖欠工资、克扣工资等违法行为，那么员工在离职时有权要求公司支付应得的工资报酬和经济补偿。在这种情况下，公司需要首先解决拖欠工资的问题，然后再考虑如何处理未扣除的费用。
- 如果公司坚持要求员工在离职后归还未扣除的费用，而员工认为这些费用与公司的违法行为有关，那么双方可能需要通过法律途径来解决争议。
针对您提到的具体情况，即“有费用没扣员工离职了”，我建议您采取以下步骤：
- 与员工沟通：首先尝试与员工进行沟通，了解其离职原因和未扣除费用的具体情况。如果可能的话，尽量通过协商达成一致意见。
- 审查内部政策：审查公司的内部政策和流程，确保在员工离职时能够及时、准确地扣除所有相关费用。如果发现政策或流程存在漏洞或不足，应及时进行改进。
- 考虑法律途径：如果与员工沟通无果，且公司认为有必要追回未扣除的费用，那么可以考虑通过法律途径来解决争议。但在此之前，请务必咨询专业的法律人士，以确保公司的行为符合法律法规的要求。
总之，处理员工离职时未扣除的费用问题需要谨慎、细致和合法。公司应加强内部管理，确保在员工离职时能够及时、准确地扣除所有相关费用，并避免因处理不当而引发的法律纠纷。