结论：公司扣后三个月的效期工资是否合理，需根据具体情况判断，若该扣款与劳动合同约定、公司规章制度或法律法规相悖，则不合理。以下从多个角度进行分析：
一、从劳动合同角度分析
劳动合同约定：
- 首先，应查看劳动合同中是否有关于工资扣除、效期工资或类似条款的约定。如果劳动合同中明确规定了公司可以在特定情况下扣除后三个月的效期工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除工资的行为可能具有合同依据。
- 但，如果劳动合同中没有此类约定，或者约定不明确，公司则无权单方面扣除工资。
合同变更与协商：
- 即使劳动合同中有相关约定，如果公司想要变更该约定（如增加扣除效期工资的条款），也需要与员工进行协商，并达成一致意见。未经员工同意，公司不得单方面变更劳动合同内容。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度合法性：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果公司规章制度中规定了扣除后三个月效期工资的内容，且该规定与法律法规相抵触，那么该规定无效，公司不得依据该规定扣除工资。
规章制度公示与告知：
- 即使公司规章制度合法，也需要确保员工知晓并同意该规定。如果公司未将规章制度公示或告知员工，员工有权主张公司不得依据该规定扣除工资。
三、从法律法规角度分析
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司应当按时足额支付员工工资，不得克扣或者无故拖欠。如果公司扣除后三个月的效期工资没有合法依据，如员工未造成公司损失、未违反公司规章制度等，那么公司的行为可能构成克扣工资，是违法的。
特殊情况下的工资扣除：
- 在某些特殊情况下，如员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿损失，并从员工工资中扣除。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果公司扣除的效期工资超过了这个限度，或者没有合法依据，那么公司的行为也是违法的。
四、建议与行动
与公司沟通：
- 首先，建议与公司进行沟通，了解公司扣除效期工资的具体原因和依据。如果公司无法提供合法依据，或者扣除行为违反了劳动合同或公司规章制度，可以要求公司立即停止扣除行为，并补发被扣除的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果与公司沟通无果，或者公司拒绝补发工资，可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
保留证据：
- 在整个过程中，务必保留好相关证据，如劳动合同、工资条、公司规章制度、沟通记录等，以便在劳动仲裁或诉讼中证明自己的主张。
最后，如果公司扣除后三个月的效期工资没有合法依据，或者扣除行为违反了法律法规、劳动合同或公司规章制度，那么这种行为是不合理的。你有权要求公司停止扣除行为，并补发被扣除的工资。如果公司拒绝，可以通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。