药店员工因近效期药品被扣工资是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、通常不合法的情形
药品管理责任主体为药店
- 药店作为药品经营企业，是药品质量和管理的直接责任人。它有义务建立完善的药品质量管理体系，涵盖采购、验收、储存、养护和销售等各个环节，以确保药品在有效期内质量合格。
- 近效期药品的出现，往往与药店的整体管理不善有关，比如采购计划不合理导致药品积压、库存管理不当或养护措施不到位等。因此，不能简单地将责任归咎于员工，药店以此为由扣员工工资通常是不合法的。
- 举例：药店为了降低成本，一次性采购了大量某种药品，但由于市场需求变化，这些药品长时间未能售出，逐渐临近效期。这种情况下，药店扣员工工资显然是不合理的，因为责任在于药店的采购决策。
员工履行职务行为
- 员工在药店工作，按照药店的管理制度和工作要求进行操作，其行为属于职务行为。在正常履行工作职责的情况下，即使出现近效期药品，也不应由员工承担赔偿责任，更不应被扣工资。
- 举例：员工按照药店规定定期进行药品盘点和养护，但由于药店采购计划不合理，导致某些药品积压临近效期。此时，药店扣员工工资是不合理的，因为员工已经履行了其职责。
二、可能合法的特殊情况
员工存在重大过错
- 如果员工存在故意或重大过失行为，如违反药品储存条件规定（将需要冷藏的药品放在常温下导致药品提前失效）、故意隐瞒药品临近效期的情况造成药品过期等，药店要求员工承担一定责任，包括扣工资，可能具有一定合理性。
- 但在此情况下，药店也需确保扣工资的要求符合相关法律法规，并遵循公平合理的原则。比如，扣工资的金额应与员工的过错程度相适应，不能过度扣罚。
有合法有效的规章制度
- 如果药店制定了合法有效的规章制度，明确规定了在特定情况下员工需要对近效期药品承担赔偿责任或扣工资，且该规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论等），并已向员工公示，那么在员工违反规定导致近效期药品产生的情况下，药店可以按照规章制度要求员工承担相应责任。
- 举例：药店的规章制度中明确规定，如果员工因个人原因（如疏忽大意未及时将临近效期的药品下架）导致药品过期，将扣除一定比例的工资作为惩罚。在这种情况下，如果员工确实存在此类行为，药店扣工资可能是合法的。
三、员工权益保障建议
- 如果药店以近效期药品为由扣你工资，你认为不合理，可以先与药店进行协商沟通，说明情况，提供相关证据证明自己没有过错或过错程度较轻。
- 若协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对药店的违法行为进行查处。
- 你也可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、药店扣工资的证明等，以证明药店的行为违法。
总之，药店员工因近效期药品被扣工资是否合法，不能一概而论。在遇到此类问题时，建议你先了解清楚具体情况，再根据上述分析判断药店的行为是否合法。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。