公司让员工赔付医药近效期费用是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、通常不合法的情形
公司作为管理责任主体：
- 公司作为药品（或相关产品）的经营或管理主体，对产品的质量和有效期管理负有直接责任。这包括建立完善的采购、验收、储存、养护和销售等环节的管理体系，以确保产品在有效期内符合质量要求。
- 如果医药产品临近效期是由于公司整体管理不善，如采购计划不合理、库存管理不当或养护措施不到位等原因导致的，那么公司不能简单地将责任归咎于员工，要求员工赔付费用通常是不合法的。
员工履行职务行为：
- 员工在公司工作，按照公司的管理制度和工作要求进行操作，其行为属于职务行为。
- 在正常履行工作职责的情况下，即使出现医药产品临近效期的情况，也不应由员工承担赔偿责任。例如，员工按规定进行产品盘点和养护，但因公司采购计划不合理导致产品积压临近效期，此时要求员工赔付费用是不合理的。
二、可能合法的特殊情况
员工存在重大过错：
- 如果员工存在故意或重大过失行为，如违反产品储存条件规定、未按要求进行产品养护或故意隐瞒产品临近效期的情况等，导致产品提前失效或过期，公司要求员工赔付费用可能具有一定合理性。
- 但在此情况下，公司也需确保赔付要求符合相关法律法规，并遵循公平合理的原则。例如，赔付金额应合理，且不应超过员工因过错行为给公司造成的实际损失。
有合法有效的规章制度：
- 如果公司制定了合法有效的规章制度，明确规定了在特定情况下员工需要对医药近效期费用承担赔偿责任，且该规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论等），并已向员工公示，那么公司可以按照规章制度要求员工赔付费用。
- 但同样，赔付金额应合理且符合法律法规规定，不能随意设定过高的赔付标准。
三、员工权益保障建议
- 如果公司要求员工赔付医药近效期费用，员工认为不合理，可以先与公司进行协商沟通，说明情况并提供相关证据支持自己的观点。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供充分的证据证明自己不存在过错或公司的要求不合理。
总结来说，公司让员工赔付医药近效期费用是否合法，需根据具体情况判断。在大多数情况下，由于公司是管理责任主体且员工履行的是职务行为，因此员工无需承担赔付责任。但在员工存在重大过错或违反合法有效规章制度的情况下，公司要求员工赔付可能具有合理性。无论何种情况，公司和员工都应遵循相关法律法规和公平合理的原则进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。