结论：员工擅自离职，用人单位不能因此拒绝支付其应得的工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，只要员工为用人单位提供了劳动，用人单位就有义务按照约定和法律规定支付工资。
法律背景与依据：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了用人单位支付工资的基本义务，无论员工是否离职，只要其提供了劳动，用人单位就应支付工资。
- 《工资支付暂行规定》第九条也进一步明确，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这强调了即使劳动合同解除或终止，用人单位仍有支付工资的法定义务。
擅自离职与工资支付的关系：
- 员工擅自离职，虽然可能违反了用人单位的规章制度或劳动合同约定，但这并不构成用人单位拒绝支付工资的合法理由。工资支付与员工的离职方式无关，只与员工是否提供了劳动有关。
经济损失与工资扣除：
- 如果员工擅自离职给用人单位造成了实际经济损失，如岗位空缺导致业务受影响、需紧急招聘人员产生额外费用等，用人单位可以依法追究其责任，要求赔偿损失。然而，这并不能成为用人单位拒绝支付工资的理由。在要求员工赔偿损失的同时，用人单位仍应支付员工应得的工资。若需从工资中扣除赔偿费用，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
法律建议：
对于用人单位：
- 应当严格遵守劳动法律法规，按时足额支付员工工资，即使员工擅自离职也不例外。
- 如果员工擅自离职给用人单位造成损失，应当通过合法途径追究其责任，如协商、调解、仲裁或诉讼等，而不是直接扣发工资。
对于员工：
- 如果擅自离职后用人单位拒绝支付工资，可以首先与用人单位进行协商，要求支付应得的工资。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 在整个过程中，员工应当保留好相关证据，如工作记录、工资条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果用人单位以员工擅自离职为由拒绝支付工资，可能面临劳动监察部门的处罚，如责令限期支付工资、加付赔偿金等。
- 员工也有权通过法律途径追究用人单位的责任，要求支付工资及可能的赔偿金。
综上所述，员工擅自离职并不能成为用人单位拒绝支付工资的理由。用人单位应当依法履行支付工资的义务，同时员工也有权维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。