结论前置：员工擅自离岗时，公司不可以随意扣工资，但在员工给公司造成实际经济损失的情况下，可以依法从工资中扣除相应部分以弥补损失，且扣除需符合法定条件。
一、法律规定与工资支付原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，用人单位应当按月以货币形式支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这一规定保障了劳动者的基本权益，确保其劳动成果得到应有的回报。因此，无论员工是否擅自离岗，公司都需按照员工实际出勤情况结算工资。
二、可以扣除工资的情形与限制
经济损失赔偿：
- 若员工擅自离岗给公司造成了实际经济损失，公司可以要求赔偿，并从工资中扣除相应部分来弥补损失。但此扣除必须基于明确的损失证据，如生产延误导致的额外成本支出、客户订单流失带来的直接经济损失等。
- 扣除比例与最低工资标准：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿金，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
法定代扣情形：
- 除了经济损失赔偿外，公司还可以在以下法定情形下代扣或扣除员工工资：
- 代扣个人所得税；
- 代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
- 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
- 其他法律法规规定的可以代扣或扣除的情形。
三、公司权益保障与处理建议
权益保护：
- 虽然不能直接扣工资，但公司的权益仍受法律保护。对于擅自离岗的员工，公司可依据劳动合同或相关法律法规要求其承担赔偿责任。
处理流程：
- 当员工擅自离岗时，公司应以书面形式送达通知书，限定员工在指定时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。
- 若员工擅自离岗达到可以辞退的标准，公司应将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书，通知员工前来办理交接工作及离职手续。
- 公司应妥善保存员工擅自离岗及由此引发损失的相关证据，如考勤记录、工作交接单、客户投诉记录等，以便在未来可能出现的劳动仲裁或诉讼过程中占据优势地位。
四、实际案例与风险提示
- 实际案例：假设某员工因个人原因擅自离岗，导致公司一项重要订单延误交付，客户因此索赔10万元。公司经调查确认该损失由员工离岗直接造成，且员工月工资为8000元。根据法律规定，公司每月可从员工工资中扣除的最高赔偿金额为1600元（8000元的20%），直至赔偿完毕。若扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
- 风险提示：公司在处理擅自离岗员工工资问题时，应确保扣除行为符合法律规定的条件和限制。若公司随意扣工资或扣除比例过高，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的劳动仲裁申请。
综上所述，面对员工擅自离岗的情况，公司应遵守法律法规，不得随意扣工资。但同时，公司也应积极采取措施保护自身权益，通过合法途径要求员工承担因其擅自离岗而给公司造成的经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。