当员工提交了工伤认定申请后，公司作为用人单位，应当采取以下步骤进行回复和处理：
一、确认收到申请
首先，公司需要正式确认收到员工的工伤认定申请，并告知员工公司已开始处理其申请。这可以通过书面形式（如邮件、信函）或口头形式（如电话、面对面沟通）进行，但建议采用书面形式以便留存证据。
二、审核申请材料
接下来，公司需要仔细审核员工提交的工伤认定申请材料，包括但不限于：
如果员工在特定情境下受伤（如工作时间和工作场所内因履行工作职责受到暴力等意外伤害、因工外出期间受到伤害等），公司还需审核员工是否提交了相应的证明材料，如公安部门的证明、事故责任认定书等。
三、配合调查与提供证据
在工伤认定过程中，人社部门可能会对公司进行调查，以核实员工受伤的情况和原因。公司应积极配合调查，提供必要的证据和资料，如工作记录、监控录像、同事证言等，以协助人社部门做出公正的认定。
四、告知员工认定结果
一旦人社部门作出工伤认定结论，公司应及时将认定结果告知员工。如果认定结果为员工构成工伤，公司应按照相关法律法规和公司政策，为员工提供相应的工伤待遇和赔偿。如果认定结果为员工不构成工伤，公司也应向员工解释原因，并告知其如有异议可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
五、后续处理与关怀
无论工伤认定结果如何，公司都应关注员工的身体状况和心理健康，提供必要的关怀和支持。如果员工需要康复治疗，公司可以协助员工申请工伤康复确认，并按照相关规定支付康复费用。同时，公司也可以考虑为员工提供适当的岗位调整或工作安排，以帮助其更好地恢复和融入工作。
示例回复：
“XX员工，您好！
我们已正式收到您提交的工伤认定申请，并已开始处理。请您放心，我们会积极配合人社部门的调查工作，并提供必要的证据和资料。在工伤认定过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时与我们联系。
一旦人社部门作出工伤认定结论，我们会第一时间将结果告知您。如果认定结果为您构成工伤，我们将按照相关法律法规和公司政策，为您提供相应的工伤待遇和赔偿。如果认定结果为您不构成工伤，我们也会向您解释原因，并告知您如有异议可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
在此期间，请您注意身体状况，如有需要，我们可以协助您申请工伤康复确认，并为您提供必要的关怀和支持。希望您能早日康复，重新回到工作岗位。”