当员工申请了工伤认定但公司不认是工伤时，员工可以采取以下措施来应对：

1. 明确工伤认定标准并收集证据：

   • 首先，员工需要了解并确认自己的情况是否符合《工伤保险条例》中规定的工伤情形。这些情形包括但不限于在工作时间和工作场所内因工作原因受到事故伤害、工作时间前后在工作场所内从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害、因履行工作职责受到暴力等意外伤害、患职业病等。
   • 员工应尽可能收集与工伤相关的证据材料，如医疗诊断证明或职业病诊断证明书（或鉴定书）、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料（如劳动合同、工资支付记录、考勤记录等）、事故发生的现场证据（如照片、视频、证人证言等）以及其他与工伤认定相关的材料。

2. 自行申请工伤认定：

   • 如果公司不配合申请工伤认定，员工或其近亲属、工会组织可以在事故发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 提交申请时，需填写《工伤认定申请表》，并提供上述收集的证据材料。

3. 应对公司异议：

   • 行政复议：若公司对工伤认定结果有异议，可在收到工伤认定决定之日起60日内向作出决定的社会保险行政部门的上一级部门或同级人民政府申请行政复议。
   • 行政诉讼：对复议决定不服或在法定期限内未申请复议的，公司可在6个月内向人民法院提起行政诉讼。
   • 员工应对策略：在此过程中，员工应保持冷静，积极准备答辩材料，必要时可以向我这样的专业律师寻求协助，以强化证据支撑，通过补充医疗记录、目击者证言等方式巩固证据链。若公司败诉后仍拒绝履行义务，员工可依据生效法律文书向法院申请强制执行。

4. 劳动能力鉴定与待遇申领：

   • 经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，员工应当进行劳动能力鉴定。
   • 根据鉴定结果，员工可享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。若公司未依法缴纳工伤保险费，相关费用由公司承担。

5. 寻求法律援助与了解法律法规：

   • 在处理此类复杂问题时，员工应深入了解《工伤保险条例》等相关法律法规，特别是关于举证责任的规定，即如果单位否认工伤或员工身份，由单位承担举证责任。
   • 若个人维权困难，员工可向当地工会、劳动保障监察机构或向我这样的专业律师寻求帮助，以获得法律建议和制定合适的解决方案。

总结来说，面对公司不认工伤认定的情况，员工应保持冷静并依法维权。通过明确工伤认定标准、收集证据、自行申请工伤认定、应对公司异议、进行劳动能力鉴定与待遇申领以及寻求法律援助等步骤，员工可以有效地维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保留好所有相关证据，并遵循法律程序，以确保自己的权益得到最大程度的保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。