当公司已经申请了工伤认定后，作为员工，你可以按照以下步骤来处理：

一、等待认定结果

首先，你需要耐心等待社会保险行政部门在规定期限内作出的工伤认定决定。在此期间，你和公司都应积极配合调查，按照要求提供相关材料，如事故现场的照片、视频，医院的诊断证明、病历，以及可能存在的目击证人证言等。

二、依据认定结果处理

1. 若认定为工伤：

   • 你可以依据认定结果享受相应的工伤待遇。这包括但不限于医疗费用由工伤保险基金支付（在符合规定范围内的部分），在停工留薪期内，你的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
   • 公司有责任配合你进行后续相关事务，比如协助你提交相关报销材料，或者在你需要时提供必要的帮助和支持。
   • 当你的治疗伤情相对稳定后，如果存在残疾或影响劳动能力的情况，你应进行劳动能力鉴定。这可以由你、你的近亲属或者公司向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供工伤认定决定和你的工伤医疗有关资料。

2. 若认定为非工伤：

   • 如果你对认定结果有异议，可以在规定时间内（一般自收到结果之日起60日内）向上一级劳动行政部门或者其设立的社会保险经办机构提出行政复议，或者在6个月内向人民法院提起行政诉讼。
   • 公司应向你明确告知你有提出异议的权利，并保留好相关证据，以备后续可能的纠纷应对。

三、落实工伤待遇

根据劳动能力鉴定结论，你可以确定具体的赔偿项目和标准。如果公司已经为你缴纳了工伤保险，那么部分或全部赔偿将由工伤保险基金和公司按规定支付；如果公司未缴纳工伤保险，那么公司需要承担全部赔偿责任。

四、争议处理

如果在整个过程中，你和公司之间对工伤认定结论、劳动能力鉴定结论或者赔偿数额等存在争议，你们可以通过以下方式解决：

• 协商解决：双方可以依据相关法律法规，以平等、自愿的原则进行交流沟通，争取达成一致的解决方案。
• 劳动仲裁：如果协商不成，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。你需要提交相关证据，如劳动合同、医疗诊断证明、工伤认定决定书等。仲裁委员会会根据双方提供的证据和相关法律规定进行裁决。
• 行政诉讼：如果一方对仲裁结果不服，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院会依据事实和法律，对工伤争议进行全面审查并作出判决。

在整个过程中，无论是公司还是你，都应遵守相关法律法规，依法维护自身权益，不可采取暴力威胁等非法手段。希望这些信息能对你有所帮助，如果你还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。