结论前置：公司扣三天身份证的行为是不合法的，劳动者应坚决维护自己的合法权益。

法律背景与依据：

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第九条明确规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证或其他任何证件，也不得以任何名义向劳动者收取财物或要求其提供担保。这一规定是保护劳动者个人权益和身份自由的重要法律基础。

2. 《中华人民共和国居民身份证法》第十五条第三款也进一步强调，除了公安机关依法执行特定强制措施的情况外，任何组织或个人都无权扣押居民身份证。这体现了国家对公民身份证件保护的高度重视。

不合法性分析：

• 身份证是公民的重要身份证明文件，具有极高的个人识别和法律效力。公司无权以任何理由扣押劳动者的身份证，无论扣押时间长短，均构成违法行为。
• 扣押身份证会给劳动者带来诸多不便，如无法正常出行、办理银行业务、参与社会活动等，严重影响了劳动者的正常生活和工作。
• 扣押身份证还可能引发安全风险，增加劳动者个人信息泄露的风险，对劳动者的个人权益构成严重威胁。

可能的法律后果：

• 若公司违反上述法律规定，扣押劳动者的居民身份证，劳动行政部门将依法责令其限期退还劳动者本人，并可能依据相关法律规定给予处罚。
• 公安机关也可能对公司给予警告，并处以二百元以下的罚款，若有违法所得，还将被没收。
• 如果公司的行为构成犯罪，如非法扣押他人身份证件用于非法目的，还将依法追究刑事责任。
• 此外，若因公司扣押身份证的行为给员工造成了损害，公司还需承担相应的赔偿责任。

劳动者权益与应对措施：

1. 明确权益：劳动者有权要求公司立即归还被扣押的身份证，并在必要时向公安机关报案或寻求法律援助。

2. 积极维权：若遇到身份证被扣押的情况，劳动者可以向劳动监察部门投诉反映，以维护自身合法权益。同时，也可以考虑通过法律途径，如向法院提起诉讼来维护自己的权益。

3. 预防为先：劳动者在入职时应保持警惕，仔细阅读劳动合同和入职须知，确保个人证件不会被非法扣押。若单位需要备案资料，应仅提供复印件，并确保原件及时归还。

总结与建议：

公司扣三天身份证的行为严重违反了相关法律法规，劳动者应充分了解自己的权益和法律责任，遇到此类情况时要勇敢站出来维护自己的合法权益。同时，建议公司在日常管理中严格遵守相关法律法规，尊重和保护员工的合法权益，共同营造一个公平、公正的就业环境。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。