编制内的事业工人注册公司是否违法需分情况讨论，具体结论及处理方式如下：

1. 若未经单位许可或违反单位规定，可能构成违规
   根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第十八条，事业单位工作人员不得“违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬”。若您所在单位明确禁止工作人员注册公司（如通过内部规章制度或劳动合同约定），且您未履行报备或审批程序，可能面临警告、记过、降低岗位等级甚至开除等处分。
   建议：立即停止公司运营，向单位书面说明情况并申请补办审批手续；若单位已启动处分程序，可主张“情节轻微”或“主动消除影响”争取从轻处理。

2. 若单位允许或未明确禁止，需进一步审查公司性质
   若单位未禁止工作人员经商办企业，或您已通过合法程序（如单位出具同意证明）注册公司，仍需注意以下限制：

   • 经营范围限制：不得从事与本单位业务相关联的营利活动（如教师注册教育培训公司、医生注册医疗器械公司），否则可能涉嫌“利益冲突”或“不正当竞争”；
     
   • 时间管理限制：需确保公司经营不占用工作时间，不影响本职工作，否则可能违反《公务员法》或事业单位人员管理规定；
     
   • 资金来源限制：若使用单位资源（如设备、场地、信息）注册公司，可能构成“挪用公款”或“侵占国有资产”。
     建议：梳理公司经营范围、运营时间及资金来源，确保与本职工作完全隔离；保留单位同意注册的书面证据，避免后续纠纷。

3. 若已注册公司且存在违规风险，需主动整改
   若公司已成立且可能涉及上述违规情形，建议采取以下措施：

   • 注销公司：若无法满足合规要求（如单位明确禁止、经营范围冲突），可办理工商注销登记，消除违规状态；
     
   • 转让股权：将公司股权转让给无关联第三方，并办理工商变更登记，确保您不再实际控制或参与经营；
     
   • 申请合规审查：向单位或主管部门提交书面报告，说明公司运营情况及合规措施，争取书面认可。
     

特别提醒：事业单位人员注册公司的合规性需结合单位性质（如公益一类、公益二类）、岗位类型（如管理岗、专业技术岗）及地方政策综合判断。若您对具体情形存疑，可直接向我提供单位类型、公司经营范围等细节，我将进一步分析风险点并给出针对性建议。