事业编制人员与他人合伙注册公司，可能会面临行政处分、党纪处分，甚至可能承担刑事责任，具体后果需根据实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、行政处分角度
事业编制人员通常受到《事业单位工作人员处分暂行规定》等规章的约束。根据这些规定，违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬的，情节较轻的，给予警告或者记过处分；情节较重的，给予降低岗位等级或者撤职处分；情节严重的，给予开除处分。
合伙注册公司属于营利性活动，如果事业编制人员未经允许擅自参与，很可能因此受到行政处分。处分的轻重会依据违规行为的严重程度、造成的后果以及个人的认错态度等因素来综合判定。
二、党纪处分角度
对于党员身份的事业编制人员，还需要遵守党的纪律。根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，党员违反有关规定从事营利活动，情节较轻的，给予警告或者严重警告处分；情节较重的，给予撤销党内职务或者留党察看处分；情节严重的，给予开除党籍处分。
因此，如果事业编制人员是党员，且未经允许与他人合伙注册公司，除了可能面临行政处分外，还可能受到党纪处分。
三、刑事责任角度
在极少数情况下，如果事业编制人员与他人合伙注册公司的行为涉及违法犯罪，如贪污、受贿、挪用公款等，那么还可能承担刑事责任。这需要根据具体案件情况，由司法机关进行调查和判定。
四、实际操作与合规建议
了解并遵守规定：事业编制人员在考虑与他人合伙注册公司前，应首先了解并遵守所在单位、行业以及国家的相关规定。
申请与审批：如果规定允许事业编制人员从事一定的营利性活动，那么应按照规定的程序进行申请和审批。未经批准，不得擅自行动。
咨询与指导：在做出决定前，建议咨询所在单位的人事部门或法律顾问，以确保自己的行为符合规定，避免不必要的法律风险。
温馨提示：事业编制人员与他人合伙注册公司是一个需要谨慎对待的问题。在做出决定前，请务必充分了解并遵守相关规定，以免给自己带来不必要的麻烦。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。