针对事编人员违规经营公司的问题，处理方式主要依据相关法律法规及单位内部规定，并需结合具体情况来综合判定。以下是我作为律师，根据相关法律实务经验，给出的详细解答：
法律层面处理：
- 违规经营行为的界定：首先，需明确违规经营的具体行为，如是否涉及非法经营、超范围经营、偷税漏税、不正当竞争等。这些行为均可能触犯相关法律法规。
- 法律责任：根据违规经营的性质和严重程度，事编人员可能面临行政处罚、刑事处罚或民事责任。例如，非法经营可能面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚；若构成犯罪，还可能被追究刑事责任。
- 法律程序：对于涉嫌违规经营的行为，相关执法部门或监管机构将依法进行调查取证，并按照法定程序进行处理。事编人员应积极配合调查，如实陈述事实，提供必要证据。
单位内部处理：
- 纪律处分：事编人员违规经营公司，可能违反单位内部的纪律规定。单位可根据其违规行为的性质和情节，给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职、撤职、开除等。
- 经济赔偿：若违规经营行为给单位造成经济损失，事编人员可能需承担经济赔偿责任，赔偿单位因此遭受的损失。
综合建议：
- 主动自查自纠：事编人员应主动对自身的经营行为进行自查，一旦发现违规问题，应立即停止并主动向单位和相关部门报告，争取从轻或减轻处理。
- 加强法律法规学习：增强法律意识，了解并遵守相关法律法规及单位内部规定，避免违规经营行为的发生。
- 咨询专业意见：在涉及复杂法律问题时，建议及时咨询专业律师或法律顾问，以确保行为的合法性和合规性。
综上所述，事编人员违规经营公司的处理方式需综合考虑法律层面和单位内部规定，并根据具体情况进行判定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。