针对正科事业编人员违规经营的处理，需结合违规性质、情节严重程度及造成的后果，分情况讨论如下：

1. 若违规经营行为未涉及职务便利，但违反事业单位人员管理规定
   根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第十六条，事业单位工作人员不得“违反国家规定，从事、参与营利性活动或者兼任职务领取报酬”。若正科事业编人员未经批准，擅自从事营利性活动（如开办公司、入股企业等），即使未利用职务便利，也可能面临警告、记过、降低岗位等级或撤职处分，具体取决于违规情节的严重程度。例如，若违规经营收入较高或持续时间较长，可能被认定为“情节较重”或“情节严重”，从而面临更严厉的处分。

2. 若违规经营行为涉及职务便利，可能构成贪污受贿或滥用职权
   若正科事业编人员在违规经营中利用职务便利（如利用职权为经营实体谋取利益、挪用公款或资源等），则可能触犯《刑法》中的贪污罪、受贿罪或滥用职权罪。此时，处理方式将不再局限于行政处分，而是可能面临刑事追责。例如，若通过职务便利为经营实体获取不正当利益并收受财物，可能构成受贿罪，依法应追究刑事责任。

3. 若违规经营行为造成公共财产、国家和人民利益重大损失
   根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第二十二条，若违规经营行为导致“公共财产、国家和人民利益遭受重大损失”，可能面临开除处分。例如，若因违规经营导致国有资产流失、环境污染或社会稳定问题，且损失金额较大或影响恶劣，则可能被认定为“重大损失”，从而面临最严厉的处分。

处理流程与注意事项：

• 调查核实：违规行为需经单位或纪检监察部门调查核实，确认违规事实及情节严重程度。
  
• 处分决定：根据调查结果，单位或主管部门将依据相关规定作出处分决定，并书面通知本人。
  
• 申诉权利：若对处分决定不服，当事人可依法提出申诉或申请复核。
  
• 刑事追责：若涉嫌犯罪，将移送司法机关处理，此时行政处分与刑事处罚可能并行。
  

建议：
若您或您身边的人涉及此类问题，建议尽快梳理违规经营的具体情节（如是否利用职务便利、是否造成损失等），并咨询专业律师以评估法律风险。不同地区的具体执行标准可能存在差异，需结合当地规定进一步分析。如有进一步疑问，可直接向我提问。