对于正科级干部违规办企业的处理，需根据具体违规情形、党纪政纪规定及法律法规综合判定，通常包括纪律处分、职务调整、责令整改及可能的刑事追责，具体分析如下：

1. 纪律处分与职务调整

根据《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国公职人员政务处分法》及《公务员法》相关规定，正科级干部作为公职人员，违规经商办企业属于违反廉洁纪律的行为，可能面临以下处理：

• 警告、记过、记大过：若违规情节较轻（如未实际经营、未获利或获利较少），可能给予警告至记大过处分，并责令限期整改（如退出企业、转让股份）。
  
• 降级、撤职、开除：若违规情节严重（如利用职务便利谋利、造成公共利益损失或社会影响恶劣），可能给予降级、撤职甚至开除处分，并追缴违法所得。
  
• 职务调整：除纪律处分外，可能同步调整其职务（如免职、调离原岗位），以消除利益冲突。
  

2. 责令整改与经济追责

• 退出企业或转让股份：要求干部在规定期限内退出所办企业或转让股份，并提交书面整改报告。
  
• 追缴违法所得：若违规经营获利，需依法追缴其非法所得，并可能处以罚款。
  
• 限制从业：根据情节，可能对其后续从业行为作出限制（如一定期限内禁止从事相关行业）。
  

3. 刑事追责（若构成犯罪）

若违规办企业行为涉及以下情形，可能触犯刑法，需移送司法机关处理：

• 贪污贿赂犯罪：如利用职务便利为自身企业谋取利益，涉嫌贪污、受贿、挪用公款等。
  
• 滥用职权罪：若违规办企业导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，可能构成滥用职权罪。
  
• 非法经营同类营业罪：若干部在国有企业中违规经营与本企业同类业务，可能构成此罪。
  

4. 处理程序与依据

• 调查程序：由纪检监察机关或任免机关、单位立案调查，收集证据（如企业登记信息、资金往来记录、证人证言等）。
  
• 处分决定：根据调查结果，依据党纪政纪规定作出处分决定，并通知本人及所在单位。
  
• 申诉与复核：干部对处分决定不服的，可按程序提出申诉或申请复核。
  

建议：若涉及具体案件，需结合干部违规情节、企业性质（如是否为营利性企业）、是否利用职务便利等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体情形及处理方案。