结论：辞职时，员工的加班小时是否可以算做补休而不支付加班费，这主要取决于劳动合同或公司规章制度中的约定，以及是否符合相关法律法规的规定。一般情况下，若双方有约定且不违反法律强制性规定，是可以的；但若没有约定或违反法律规定，则员工有权要求支付加班费。
详细分析：
劳动合同或公司规章制度中的约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班可以以补休的方式替代加班费，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在辞职时，其加班小时可以算做补休，而不支付加班费。
- 然而，这种约定必须是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，且不得违反法律法规的强制性规定。如果约定存在违法或显失公平的情况，员工有权要求撤销或变更该约定。
法律法规的规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，员工在加班时，有权获得相应的加班费。加班费是员工因加班而应得的额外报酬，是法律对员工劳动权益的一种保护。
- 如果公司未按照法律规定支付加班费，而是以补休的方式替代，这可能构成违法行为。员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付应得的加班费。
实际操作中的注意事项：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有关于加班补休的规定，员工在辞职时也应与公司进行协商，确保双方对加班小时的补休或加班费支付达成一致意见。
- 如果公司拒绝支付加班费或未按照约定提供补休，员工可以保留相关证据（如加班记录、劳动合同等），以便在必要时维护自己的合法权益。
建议：
- 对于员工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班和加班费支付的规定。如果合同中有不明确或不合理的地方，应及时与公司沟通并协商修改。
- 对于公司而言，应制定合法合理的规章制度，明确加班和加班费支付的相关规定。同时，应加强对员工的法律宣传和教育，提高员工的法律意识和维权意识。
可能后果：
- 如果公司未按照法律规定或劳动合同约定支付加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。一旦查实，公司可能面临罚款、赔偿等法律责任。
- 如果员工在辞职时未与公司就加班小时的补休或加班费支付达成一致意见，可能会引发劳动争议。这不仅会影响员工的离职手续办理，还可能对公司的声誉和形象造成负面影响。
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