结论：辞职时公司不给加班费只给调休，这一做法是否合法，需分情况讨论。若属于标准工时制且未安排调休或调休不合理，则不合法；若属于综合计算工时制或不定时工时制且符合规定，则可能合法；若劳动合同或规章制度有特别约定且不违反法律规定，则按约定处理。以下是对此问题的详细分析：
一、标准工时制下的情况
在标准工时制下，根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
分析：
- 若您在标准工时制下加班，且公司未安排调休或调休不合理（如调休时间过短、调休期间工资待遇降低等），则公司应支付加班费，而非仅提供调休。
- 若公司已安排合理的调休，且调休期间工资待遇未降低，则公司可能无需支付加班费。但需注意，休息日加班的调休应在一定期限内安排，不能无限期拖延。
二、综合计算工时制或不定时工时制下的情况
对于实行综合计算工时制或不定时工时制的劳动者，其加班费的支付方式可能有所不同。
分析：
- 综合计算工时制：在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。若超过，应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。但在综合计算周期内，若总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，则即使某日（或周）实际工作时间超过8小时（或40小时），也无需支付加班费。此时，公司可能通过调休来平衡工作时间。
- 不定时工时制：对于实行不定时工时制的劳动者，不执行上述加班费支付规定。但需注意，不定时工时制需经劳动行政部门批准，且仅适用于特定岗位，如高级管理人员、外勤人员等。
三、劳动合同或规章制度中的特别约定
若劳动合同或公司规章制度中明确约定了加班费的支付方式（如仅提供调休而不支付加班费），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则可能按约定处理。
分析：
- 合法性审查：需审查该约定是否违反法律、行政法规的强制性规定。若违反，则该约定无效，公司仍需按法律规定支付加班费。
- 合理性审查：即使约定合法，也需考虑其合理性。若约定明显不合理（如调休时间过长、调休期间工资待遇大幅降低等），则可能损害劳动者的合法权益，此时劳动者有权要求公司支付加班费或采取其他合理措施。
建议与行动
- 与公司协商：首先，您可以尝试与公司协商，要求公司支付加班费或提供合理的调休安排。
- 收集证据：若协商无果，您应收集相关证据（如加班记录、工资条、劳动合同等），以证明公司未支付加班费或调休不合理。
- 申请劳动仲裁：若证据充分，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付加班费及相应的经济补偿。
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