结论：若已支付二倍工资后发现员工实际为管理者，通常无法直接要回已支付的款项，但可通过协商、法律途径（如申请撤销仲裁裁决或提起民事诉讼）尝试解决，具体需结合实际情况判断。以下是详细分析：

一、法律背景与核心要点

1. 二倍工资的支付条件
   根据《劳动合同法》第八十二条，用人单位未与劳动者签订书面劳动合同的，需支付二倍工资。但管理者（如总经理、人事负责人等）通常负有签订劳动合同的职责，若因其自身原因未签订，用人单位可能无需支付二倍工资（参考《劳动合同法实施条例》及地方司法实践）。

2. 仲裁裁决的效力
   仲裁裁决作出后即具有法律效力，用人单位需履行支付义务。若裁决已执行完毕，用人单位一般不能直接要求员工返还款项，但可通过法律程序主张权利。

二、可能采取的法律措施

1. 申请撤销仲裁裁决

   • 条件：若仲裁裁决存在《劳动争议调解仲裁法》第四十九条规定的情形（如裁决适用法律错误、程序违法等），用人单位可在收到裁决书之日起30日内向中级人民法院申请撤销。
     
   • 难点：需证明员工属于管理者且未签订劳动合同的责任在其自身，且仲裁未考虑该关键事实。
     
   • 后果：若撤销成功，原裁决失效，用人单位可不再支付二倍工资；若撤销失败，需继续履行裁决。

2. 提起民事诉讼（不当得利之诉）

   • 条件：若用人单位能证明员工实际为管理者，且其未签订劳动合同的责任在于自身，已支付的二倍工资属于“不当得利”，可向法院起诉要求返还。
     
   • 难点：需提供充分证据证明员工的管理者身份及未签订劳动合同的过错（如员工职责范围、公司规章制度、过往劳动合同签订记录等）。
     
   • 后果：若法院支持诉求，员工需返还已支付的款项；若不支持，用人单位需承担诉讼费用及可能败诉的风险。

3. 协商解决

   • 建议：在证据充分的情况下，可与员工协商返还部分或全部款项，避免法律程序的时间和成本消耗。
     
   • 注意：协商需签订书面协议，明确返还金额、方式及时间，避免后续纠纷。

三、实务建议

1. 收集证据

   • 重点收集员工属于管理者的证据（如职位说明书、公司章程、工资结构等）。
     
   • 收集员工未签订劳动合同的过错证据（如员工负责人事工作、过往劳动合同签订记录等）。

2. 评估风险与成本

   • 法律程序（撤销仲裁或诉讼）可能耗时较长，需权衡时间成本与返还金额的性价比。
     
   • 若员工已离职或拒不配合，协商解决的可能性较低，需优先考虑法律途径。

3. 预防未来风险

   • 对管理者（尤其是人事负责人）签订书面劳动合同，明确其职责范围。
     
   • 在劳动合同中约定“未签订劳动合同的责任条款”，避免后续纠纷。

四、示例说明

假设公司已支付员工A二倍工资10万元，后发现A为人事经理，负责签订劳动合同但未履行职责。此时：

1. 协商：公司可与A沟通，说明其过错，要求返还5万元（协商金额需双方同意）。
   
2. 诉讼：若协商无果，公司可起诉A不当得利，需提供A的职位证明、未签订劳动合同的过错证据等，法院可能判决A返还部分或全部款项。

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