结论前置：公司发工资选择代发报销在大多数情况下是不合法的，这种做法可能违反工资支付规定、税收法律，并损害员工权益。以下从多个角度进行详细分析：

1. 违反工资支付规定

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。将工资以报销形式发放，违背了这一明确规定，可能导致工资支付变得不透明、不规范，难以保障劳动者的合法权益。
• 例如，如果公司每月将部分工资以“报销”名义发放，而这部分“报销”并不对应实际发生的费用，那么这种做法就构成了对工资支付规定的违反。

2. 规避税收和社保缴纳义务

• 以报销形式发放工资，企业可能故意拆分收入，降低员工工资基数，从而逃避个人所得税代扣代缴义务，减少国家税收收入。同时，这种做法也会使社保缴费基数降低，损害员工享受社保待遇的权益，如医疗保险、养老保险等。
• 根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国个人所得税法》，任何单位和个人都有依法纳税的义务，逃避税收将构成违法行为。
• 举例来说，如果公司通过报销形式发放工资，使得员工的应税收入减少，那么员工需要缴纳的个人所得税也会相应减少，这实际上是一种偷税漏税的行为。

3. 损害员工权益

• 工资以报销形式发放，会影响员工经济补偿、赔偿金的计算基数。在计算这些金额时，通常以员工离职前十二个月的平均工资为标准。若工资数额核算混乱，员工可能获得较少的经济补偿或赔偿金。
• 此外，一旦发生劳动争议，员工难以提供有效证据证明自己的工资标准，从而在维权过程中处于不利地位。
• 例如，如果员工因公司违法行为而离职，并要求公司支付经济补偿金，但公司以报销形式发放工资导致工资数额难以确定，那么员工可能无法获得应有的经济补偿。

4. 报销的合法性与工资支付的区别

• 报销是用人单位内部管理制度和财务流程的一部分，必须确保所有项目和金额真实、合法，且符合税收法规。正常的费用报销与工资发放是两个不同的概念，前者是因工作实际产生的合理费用支出，后者是劳动者通过劳动获得的劳动报酬。
• 用人单位可以制定合理、明确的费用报销制度，但报销不能替代工资的支付。

可能面临的法律后果

• 如果用人单位坚持将工资以报销形式发放，可能会面临税务机关的查处，并需要承担相应的法律责任，包括补缴税款、罚款等。
• 同时，这种做法也可能会引发劳动争议，导致员工提起仲裁或诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资、经济补偿金等，并可能影响企业的声誉和信誉。

建议

• 用人单位应当严格遵守相关法律法规，以货币形式按月支付劳动者的工资，并确保依法纳税和缴纳社保。
• 如果用人单位有特殊的财务政策或需要，建议咨询专业法律人士（即我本人，李加文律师，专注于劳动纠纷领域），以确保合规操作，避免法律风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。