用人单位以报销方式代替工资发放是不合法的。以下是对这一问题的详细法律分析：
一、违反工资支付规定
根据《工资支付暂行规定》，工资应当以法定货币形式支付给劳动者本人，且必须清晰记录支付工资的数额、时间、领取者的姓名及签字，并保存两年以上备查。工资是员工为用人单位提供劳动后应得的报酬，其构成应包括基本工资、奖金、津贴等所有因劳动产生的收入。而报销则是针对员工因公务活动实际产生的费用，经审核后由单位实报实销。
实际操作中的问题：
- 当用人单位以报销名义发放本应作为工资的部分时，实际上是在规避其支付工资的法定义务。
- 这种做法模糊了工资与报销的本质区别，可能导致员工的社保缴纳基数降低，影响员工的社保待遇和未来退休金数额。
- 在解除劳动合同时，经济补偿的计算也会因此变得不准确，直接损害了劳动者的合法权益。
二、税务风险与法律后果
对企业而言：
- 以报销方式掩盖真实工资支出，可能构成将工资费用伪装成企业经营费用的行为，这违反了税法规定。
- 税务机关一旦查实，企业将面临补缴税款、加收滞纳金以及可能的罚款等严厉处罚，甚至可能触犯刑事责任。
对员工而言：
- 正常情况下，工资收入需依法缴纳个人所得税。若以报销形式发放工资，虽短期内看似减少了个人所得税的缴纳，但实际上属于偷逃税行为。
- 员工个人也可能因此面临税务部门的处罚，包括补缴税款、罚款乃至信用记录受损等后果。
三、劳动法与财务管理合规性
- 违反劳动法：明确违反了《劳动法》及相关规定中关于工资应以货币形式按月支付给劳动者本人的要求，任何形式的克扣或无故拖欠均不被允许。
- 财务管理混乱：此做法混淆了工资与报销的界限，导致用人单位财务管理混乱，不利于内部审计和监管，还可能诱发腐败和贪污行为，严重影响企业的财务健康与信誉。
四、合法合规建议
为避免上述法律风险，用人单位应当：
- 严格按照法律规定的方式支付员工工资，确保工资支付的透明性和规范性。
- 建立清晰的报销制度，区分公务报销与个人工资收入，确保每一笔费用的合法性与合理性。
- 加强财务管理，定期进行内部审计，确保所有财务活动的合规性与透明度。
总结与建议：
用人单位以报销方式发放工资，不仅违反了相关法律法规，而且严重损害了员工的合法权益与企业的财务管理秩序。作为劳动者，如果遇到用人单位以报销方式代替工资发放的情况，应当及时向用人单位提出异议，并保留相关证据以维护自己的合法权益。如果用人单位拒不改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律帮助。