核心结论：总公司合同若要作废且涉及分公司付款安排，需根据合同性质、履行情况及双方约定，通过协商解除、法定解除或约定解除等方式处理，同时需妥善解决分公司已付款或应付款的法律后果。以下是具体分析：

1. 合同作废的法律依据与方式

合同作废通常指合同无效或被撤销，但根据您的描述，更可能是“解除合同”或“终止合同效力”的情形。若需作废合同，需明确以下路径：

• 协商解除：总公司与合同相对方（如客户、供应商）协商一致，签订解除协议，明确合同终止时间、已履行部分的结算（如分公司已付款的处理）、违约责任等。这是最稳妥的方式，可避免后续纠纷。
• 法定解除：若合同存在法定解除事由（如对方根本违约、不可抗力导致合同目的无法实现等），总公司可依据《民法典》第563条单方通知解除合同，但需留存证据（如违约通知、不可抗力证明等）。
• 约定解除：若合同中已约定解除条件（如“分公司未付款时总公司有权解除”），当条件成就时，总公司可直接行使解除权。

2. 分公司付款安排的法律处理

合同作废后，分公司已付款或应付款的处理需重点明确：

• 已付款项：若分公司已按总公司指示付款，需在解除协议中明确：
  • 相对方是否需返还分公司已付款项（如合同未履行部分对应的款项）；
  • 若相对方无需返还，总公司与分公司之间需通过内部协议（如资金调拨协议）明确款项性质，避免分公司主张权利。
• 未付款项：若合同作废时分公司尚未付款，需在解除协议中明确：
  • 分公司是否仍需支付（如合同已部分履行，需结算已履行部分）；
  • 若无需支付，总公司需通知分公司停止付款，并确保相对方不再向分公司主张权利。

3. 总公司与分公司的内部责任划分

合同作废可能涉及总公司与分公司之间的责任划分，需注意：

• 授权范围：若分公司付款是基于总公司的明确授权（如授权委托书），合同作废后，总公司需对分公司的付款行为承担法律责任，除非相对方明知分公司越权。
• 内部追偿：若分公司付款超出总公司授权范围或合同作废导致总公司损失，总公司可依据内部管理规定（如分公司章程、资金管理制度）向分公司追偿，但需通过书面协议明确追偿条件与程序。

4. 操作建议

• 步骤一：总公司与合同相对方签订书面解除协议，明确合同终止时间、款项结算、违约责任等关键条款。
• 步骤二：总公司与分公司签订内部协议，明确分公司已付款或应付款的处理方式（如返还、结算或内部调拨），避免后续纠纷。
• 步骤三：若涉及复杂情况（如合同已部分履行、相对方拒绝配合等），建议委托律师起草或审核协议，确保法律程序合规。

提示：合同作废涉及多方利益，操作不当可能引发诉讼或行政处罚（如税务问题）。若有具体合同文本或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。