结论前置：和分公司签合同但付款给总公司，出了问题后责任归属需视具体情况而定，一般可能涉及总公司、分公司或两者共同承担责任。
一、责任归属分析
合同相对性原则：
- 根据合同相对性原则，合同是约束签订双方的法律文件。若您是与分公司签订的合同，原则上合同的权利义务应由分公司承担。然而，在实际操作中，由于分公司不具有独立法人资格，其民事责任最终由总公司承担。
付款行为的法律效果：
- 付款给总公司并不改变合同签订的主体。若合同中未明确约定付款方式或付款主体可以变更，且总公司接受了付款，这通常被视为对分公司付款义务的履行。但若因此产生纠纷，如货物质量、交付时间等问题，责任仍需根据合同条款和实际情况来判断。
总公司与分公司的关系：
- 总公司作为分公司的上级机构，对分公司的经营活动负有监督和管理责任。若分公司因经营不善或违规操作导致问题，总公司可能需要承担相应的管理责任或连带责任。
二、不同情况下的责任承担
合同明确约定：
- 若合同中明确约定了付款方式、付款主体以及违约责任等条款，且双方均按照合同约定履行，则出了问题后应按照合同约定来追究责任。
合同未明确约定或约定不明：
- 若合同中未明确约定付款方式或付款主体可以变更，且双方对此存在争议，则可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决。在此情况下，法院可能会根据实际情况、交易习惯以及公平原则等因素来综合判断责任归属。
分公司违规操作：
- 若分公司未经总公司授权或超出授权范围擅自进行业务活动导致问题，总公司可能需要承担管理责任或连带责任。但若总公司能够证明其已尽到监督和管理责任，且分公司的问题与其无关，则总公司可能免于承担责任。
三、法律建议与风险防范
完善合同条款：
- 在签订合同时，应明确约定付款方式、付款主体、违约责任等条款，以避免后续产生争议。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，应保留好相关证据，如付款凭证、交货单、验收报告等，以便在出现问题时能够证明自己的权益。
及时沟通与协商：
- 若在合同履行过程中出现问题，应及时与对方沟通并协商解决方案。若协商无果，可以考虑通过调解或诉讼等方式来解决。
寻求法律帮助：
- 若问题复杂或涉及金额较大，建议寻求专业律师的法律帮助，以确保自己的权益得到妥善保护。
举例说明：假设您与某公司的分公司签订了一份购销合同，约定由分公司向您提供货物，并由您将货款支付给总公司。若货物存在质量问题或未按约定时间交付，您首先应与分公司沟通并要求其承担责任。若分公司拒绝承担责任或无法联系到分公司，您可以向总公司提出索赔要求。在此情况下，若总公司能够证明其已尽到监督和管理责任，且货物问题与总公司无关，则总公司可能免于承担责任；但若总公司无法证明其已尽到责任，则可能需要承担连带责任。
进一步思考：在实际操作中，为了避免类似问题的发生，建议在签订合同时就明确约定付款方式、付款主体以及违约责任等条款，并确保双方均按照合同约定履行。同时，在合同履行过程中应保留好相关证据，以便在出现问题时能够证明自己的权益。若有问题，可以直接向我咨询。