结论前置：合同由总公司签订，款项由分公司收取的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的，但需注意潜在的法律风险和财务规范问题。
一、法律依据与可行性分析
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。从法律层面讲，总公司和分公司在财务等方面存在关联性和统一性，分公司收款可视为总公司收款的一种表现形式。
合同约定的有效性：
- 如果合同中明确约定了可以由分公司代为收取款项，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害合同相对方的合法权益，则该约定合法有效。例如，合同条款中明确指出“本合同项下的款项支付至[分公司名称]的指定账户”。
实际操作中的灵活性：
- 在商业实践中，总公司签订合同而由分公司收款的情况并不罕见。这种操作方式有助于总公司更好地管理其分支机构的财务，同时也为合同相对方提供了便利。
二、存在的风险及应对措施
税务风险：
- 收款方与合同签订方不一致可能引起税务机关的关注，影响发票开具和税务申报。特别是增值税的缴纳，需确保收款主体与开票主体一致，以避免税务抵扣等问题。
- 应对措施：及时与税务机关沟通，确保符合税收法规要求；必要时调整收款方式或合同条款，保持一致性。例如，可以在合同中明确约定由分公司收款并开具发票，同时确保分公司已进行税务登记并具备开票资格。
法律纠纷风险：
- 交易过程中出现纠纷时，收款主体与合同主体不一致可能使法律关系复杂化，增加维权难度。
- 应对措施：在合同中明确约定收款事宜，并保留好相关证据和交易记录。例如，可以要求合同相对方在支付款项时备注合同编号或项目名称，以便在出现纠纷时能够迅速查明事实。
财务规范问题：
- 总公司和分公司需建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司，避免财务混乱。
- 应对措施：严格执行财务制度，保留好财务凭证和交易记录；定期进行内部审计和财务检查，确保财务规范。例如，可以设立专门的财务账户用于接收分公司收取的款项，并定期与总公司进行对账。
三、操作建议
充分沟通：
- 在操作前与交易对方进行充分沟通，明确收款事宜和双方权利义务。这有助于减少后续可能出现的纠纷和误解。
完善合同条款：
- 如合同未明确约定收款方为分公司，建议签订补充协议或修改原合同条款，明确分公司收款的相关事宜。这有助于确保交易的合法性和合规性。
关注法律法规变化：
- 法律法规可能会随着时间和政策的变化而调整。因此，在实际操作中需关注相关法律法规的变化，确保操作符合最新要求。
综上所述，合同由总公司签订，款项由分公司收取的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的。但为确保交易的合法性和合规性，降低潜在的法律风险和财务规范问题，建议在实际操作中谨慎处理，并遵循上述建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。